Правядзенне чатырох аналізаў ампліфікацыі нуклеінавых кіслот для ідэнтыфікацыі SARS-CoV-2 у Эфіопіі

Дзякуй за наведванне сайта Nature.com. Вы карыстаецеся версіяй браўзера з абмежаванай падтрымкай CSS. Для найлепшага карыстання рэкамендуем выкарыстоўваць абноўлены браўзер (або адключыць рэжым сумяшчальнасці ў Internet Explorer). Акрамя таго, каб забяспечыць пастаянную падтрымку, мы паказваем сайт без стыляў і JavaScript.
Адлюстроўвае карусель з трох слайдаў адначасова. Выкарыстоўвайце кнопкі «Папярэдні» і «Наступны», каб перамяшчацца паміж трыма слайдамі адначасова, або выкарыстоўвайце кнопкі-паўзункі ў канцы, каб перамяшчацца паміж трыма слайдамі адначасова.
З моманту ўспышкі каранавіруснай хваробы (COVID-19) у 2019 годзе ва ўсім свеце было распрацавана мноства камерцыйных тэстаў ампліфікацыі нуклеінавых кіслот (NAAT), якія сталі стандартнымі аналізамі. Нягледзячы на ​​тое, што некалькі тэстаў былі хутка распрацаваны і ўжыты ў лабараторных дыягнастычных тэстах, эфектыўнасць гэтых тэстаў не ацэньвалася ў розных умовах. Таму мэтай гэтага даследавання была ацэнка эфектыўнасці аналізаў Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI і Sansure Biotech з выкарыстаннем кампазітнага эталоннага стандарту (CRS). Даследаванне праводзілася ў Эфіопскім інстытуце грамадскага здароўя (EPHI) з 1 па 30 снежня 2020 года. 164 узоры насаглоткі былі выняты з выкарыстаннем міні-набору QIAamp RNA і сістэмы падрыхтоўкі ўзораў Abbott DNA. З 164 узораў 59,1% былі станоўчымі, а 40,9% - адмоўнымі на CRS. Пазітыўнасць Sansure Biotech была значна ніжэйшай у параўнанні з CRS (p < 0,05). Пазітыўнасць Sansure Biotech была значна ніжэйшай у параўнанні з CRS (p < 0,05). Пазітыўныя вынікі Sansure Biotech былі значна ніжэй у параўнанні з CRS (p <0,05). Станоўчыя вынікі Sansure Biotech былі значна ніжэйшымі ў параўнанні з CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低．(p <0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低．(p <0,05). У Sansure Biotech было значна менш станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (p <0,05). Sansure Biotech мела значна менш станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (p < 0,05).Агульная супадзенне чатырох аналізаў склала 96,3–100% у параўнанні з CRS. Акрамя нізкага ўзроўню станоўчых вынікаў аналізу Sansure Biotech, прадукцыйнасць чатырох аналізаў была практычна параўнальнай. Такім чынам, аналіз Sansure Biotech [толькі для даследаванняў (RUO)] патрабуе дадатковай праверкі для яго выкарыстання ў Эфіопіі. Нарэшце, варта разгледзець магчымасць правядзення дадатковых даследаванняў для ацэнкі адпаведнасці аналізаў адпаведным заявам вытворцы.
Лабараторныя тэсты з'яўляюцца часткай Стратэгічнага плана Сусветнай арганізацыі аховы здароўя (СААЗ) па падрыхтоўцы і рэагаванні на каранавірусную хваробу 2019 года (COVID-19). СААЗ раіць краінам стварыць лабараторны патэнцыял для паляпшэння падрыхтоўкі, належнага вядзення выпадкаў, пільнасці і хуткага рэагавання на праблемы грамадскага здароўя. Гэта сведчыць аб тым, што роля лабараторыі з'яўляецца ключавой для характарыстыкі хваробы і эпідэміялогіі новых інфекцыйных агентаў і кантролю іх распаўсюджвання.
Дыягностыка COVID-19 патрабуе эпідэміялагічнай і медыцынскай інфармацыі, асабістых сімптомаў/прыкмет, а таксама радыяграфічных і лабараторных дадзеных2. З моманту паведамлення пра ўспышку COVID-19 у горадзе Ухань, Кітай, па ўсім свеце было распрацавана мноства камерцыйных тэстаў ампліфікацыі нуклеінавых кіслот (NAAT). Палімеразная ланцуговая рэакцыя з зваротнай транскрыпцыяй у рэжыме рэальнага часу (rRT-PCR) выкарыстоўваецца ў якасці руціннага і стандартнага метаду лабараторнай дыягностыкі інфекцыі, выкліканай цяжкім вострым рэспіраторным сіндромам 2 (SARS-CoV-2)3. Малекулярнае выяўленне SARS-CoV-2 звычайна заснавана на генах N (ген нуклеакапсіднага бялку), E (ген бялку абалонкі) і RdRp (ген РНК-залежнай РНК-палімеразы) у вобласці ORF1a/b (ген адкрытай рамкі зчытвання 1a/b), ідэнтыфікаванай з віруснага геному. Яны лічацца асноўнымі кансерватыўнымі рэгіёнамі, якія сустракаюцца ў вірусных геномах для распазнавання вірусаў4. Сярод гэтых генаў гены RdRp і E маюць высокую аналітычную адчувальнасць выяўлення, у той час як ген N мае нізкую аналітычную адчувальнасць5.
Прадукцыйнасць ПЦР-аналізаў можа адрознівацца ў залежнасці ад розных фактараў, такіх як: экстракцыя, рэагенты для ампліфікацыі/дэтэкцыі, метад экстракцыі, якасць ПЦР-апарата і іншых інструментаў. Па стане на красавік 2020 года больш за 48 розных дыягнастычных прылад з дзевяці краін атрымалі дазвол на экстранае выкарыстанне (EUA) для дыягностыкі COVID-196. У Эфіопіі для ПЦР-выяўлення SARS-CoV-2 у 26 дзяржаўных установах аховы здароўя выкарыстоўваецца больш за 14 платформаў ПЦР у рэжыме рэальнага часу, у тым ліку ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 і Quant-studio7. Акрамя таго, даступныя розныя наборы для ПЦР-тэстаў, такія як Daan Gene test, Abbott SARS-CoV-2 test, Sansure Biotech test і SARS-CoV-2 BGI test. Нягледзячы на ​​тое, што rRT-PCR з'яўляецца вельмі адчувальнай, некаторыя пацыенты з COVID-19 паведамляюць пра ілжываадмоўныя вынікі з-за недастатковай колькасці копій віруснай рыбануклеінавай кіслаты (РНК) ва ўзорах з-за няправільнага збору, транспарціроўкі, захоўвання і апрацоўкі, а таксама лабараторных умоў і дзеянняў персаналу8. Акрамя таго, няправільнае абыходжанне з узорам або кантролем, усталяванне парога цыклу (Ct) і перакрыжаваная рэактыўнасць з іншымі патагеннымі нуклеінавымі кіслотамі або неактыўнай/рэшткавай РНК SARS-CoV-2 могуць прывесці да ілжыва станоўчых вынікаў у аналізах rRT-PCR9. Такім чынам, відавочна, што ПЛР-тэсты сапраўды могуць ідэнтыфікаваць носьбітаў фрагментаў генаў, бо яны нават не могуць адрозніць сапраўды актыўныя вірусныя гены, таму тэсты могуць ідэнтыфікаваць толькі носьбітаў, а не пацыентаў10. Таму важна ацэньваць дыягнастычную эфектыўнасць з выкарыстаннем стандартных метадаў у нашых умовах. Нягледзячы на ​​тое, што ў Эфіопскім інстытуце грамадскага здароўя (EPHI) і па ўсёй краіне даступна шмат рэагентаў NAAT, параўнальнай ацэнкі іх эфектыўнасці пакуль не паведамлялася. Таму гэта даследаванне было накіравана на ацэнку параўнальнай эфектыўнасці камерцыйна даступных набораў для выяўлення SARS-CoV-2 з дапамогай rRT-PCR з выкарыстаннем клінічных узораў.
У даследаванне было ўключана 164 удзельнікі з падазрэннем на COVID-19. Большасць узораў былі ўзятыя з лячэбных цэнтраў (118/164 = 72%), а астатнія 46 (28%) удзельнікаў былі з цэнтраў, якія не атрымлівалі лячэння. Сярод удзельнікаў, якія не лячыліся ў цэнтры, у 15 (9,1%) былі клінічна падазраваныя выпадкі, а ў 31 (18,9%) былі кантакты пацверджаных выпадкаў. Дзевяноста тры (56,7%) удзельнікі былі мужчынамі, а сярэдні (± стандартнае адхіленне) узрост удзельнікаў склаў 31,10 (± 11,82) года.
У гэтым даследаванні былі вызначаны паказчыкі станоўчых і адмоўных вынікаў чатырох тэстаў на COVID-19. Такім чынам, паказчыкі станоўчых вынікаў аналізу Abbott SARS-CoV-2, аналізу Daan Gene 2019-nCoV, аналізу SARS-CoV-2 BGI і аналізу Sansure Biotech 2019-nCoV склалі 59,1%, 58,5%, 57,9% і 55,5% адпаведна. Станоўчыя і адмоўныя балы па сукупным эталонным стандарты (CRS) склалі 97 (59,1%) і 67 (40,9%) адпаведна (табліца 1). У гэтым даследаванні вызначэнне CRS было заснавана на правіле «любога станоўчага», згодна з якім з чатырох вынікаў тэсту два або больш вынікаў тэсту, якія далі аднолькавы вынік, лічыліся сапраўды станоўчымі або адмоўнымі.
У гэтым даследаванні мы выявілі адмоўную працэнтную адпаведнасць (NPA) 100% (95% ДІ 94,6–100) для ўсіх аналізаў у параўнанні з CRS. Аналіз Sansure Biotechnology паказаў мінімальную PPA 93,8% (95% ДІ 87,2–97,1), а аналіз Daan Gene 2019-nCoV меў агульную адпаведнасць 99,4% (95% ДІ 96,6–99,9). У адрозненне ад гэтага, агульная адпаведнасць паміж аналізам SARS-CoV-2 BGI і аналізам Sansure Biotech 2019-nCoV склала 98,8% і 96,3% адпаведна (табліца 2).
Каэфіцыент каппа Коэна паміж вынікамі CRS і аналізу Abbott SARS-CoV-2 цалкам супадаў (K = 1,00). Падобным чынам, значэнні каппа Коэна, выяўленыя з дапамогай Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI і Sansure Biotech 2019-nCoV, таксама цалкам супадаўваюць з CRS (K ≥ 0,925). У гэтым параўнальным аналізе крытэрый хі-квадрат (крытэрый Мак-Немара) паказаў, што вынікі аналізу Sansure Biotech 2019-nCoV значна адрозніваліся ад вынікаў CRS (p = 0,031) (табліца 2).
Як паказана на мал.1 працэнт найніжэйшага значэння Ct (< 20 Ct) аналізу Abbott SARS-CoV-2 (камбінаваны ген RdRp і N) склаў 87,6%, а значэнне Ct гена ORF1a/b аналізу Sansure Biotech 2019-nCoV паказала, што працэнт нізкага значэння Ct (< 20 Ct) склаў 50,3%, а высокага значэння Ct (36–40 Ct) — 3,2%. 1 працэнт найніжэйшага значэння Ct (< 20 Ct) аналізу Abbott SARS-CoV-2 (камбінаваны ген RdRp і N) склаў 87,6%, а значэнне Ct гена ORF1a/b аналізу Sansure Biotech 2019-nCoV паказала, што працэнт нізкага значэння Ct (< 20 Ct) склаў 50,3%, а высокага значэння Ct (36–40 Ct) — 3,2%.Як паказана на мал.1, працэнт найменьшага значэння Ct (< 20 Ct) аналізу Abbott SARS-CoV-2 (камбінаваны ген RdRp і N) склаў 87,6%, а значэнне Ct гена ORF1a/b аналіз Sansure Biotech 2019-nCoV паказаў, што працэнт нізкага значэння Ct (< 20 Ct) складаў 50,3%, а высокае значэнне Ct (36–40 Ct) складала 3,2%. 1, працэнт найніжэйшага значэння Ct (< 20 Ct) аналізу Abbott SARS-CoV-2 (камбінаваны ген RdRp і N) склаў 87,6%, а аналіз значэння Ct гена ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV паказаў, што працэнт нізкага значэння Ct (< 20 Ct) склаў 50,3%, а высокага значэння Ct (36–40 Ct) — 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87,6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%,高Ct 值(36–40 Ct)的百分比为3,2% Як паказана на малюнку 1, найніжэйшы працэнт значэння Ct (< 20 Ct) тэсту Abbott SARS-CoV-2 (спалучэнне генаў RdRp і N) складае 87,6%, значэнне Ct гена ORF1a/b тэсту Sansure Biotech 2019-nCoV паказвае нізкі працэнт Ct值 (< 20 Ct) — 50,3%, а працэнт Ct 高 (36–40 Ct) — 3,2%. Як паказана на малюнку 1, аналіз Abbott SARS-CoV-2 (сумяшчальны гены RdRp і N) меў самае нізкае працэнтнае значэнне Ct (< 20 Ct) памерам 87,6%, а значэнне Ct гена ORF1a/b у даследаванні Sansure Biotech 2019- Аналіз nCoV паказаў нізкі Ct. Як паказана на малюнку 1, аналіз Abbott SARS-CoV-2 (які спалучае гены RdRp і N) меў найменшае працэнтнае значэнне Ct (< 20 Ct) на ўзроўні 87,6%, у той час як значэнне Ct гена ORF1a/b у даследаванні Sansure Biotech 2019 — аналіз nCoV паказаў нізкае значэнне Ct. Працэнт значэнняў (< 20 Ct) склаў 50,3%, а працэнт высокіх значэнняў Ct (36–40 Ct) склаў 3,2%. Працэнт значэнняў (< 20 Ct) склаў 50,3%, а працэнт высокіх значэнняў Ct (36–40 Ct) — 3,2%.Тэст Abbott SARS-CoV-2 B зафіксаваў значэнні Ct вышэй за 30. З іншага боку, у аналізе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b меў высокае значэнне Ct (> 36 Ct), працэнт склаў 4% (мал. 1). З іншага боку, у аналізе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b меў высокае значэнне Ct (> 36 Ct), працэнт склаў 4% (мал. 1). З іншага боку, у аналізе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b меў высокае значэнне Ct (> 36 Ct), працэнт якога складаў 4% (рыс. 1). З іншага боку, пры аналізе BGI ген SARS-CoV-2 ORF1a/b меў высокае значэнне Ct (> 36 Ct), працэнт якога склаў 4% (мал. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%(图1）。 З іншага боку, пры выяўленні BGI SARS-CoV-2 працэнт гена ORF1a/b з высокім значэннем Ct (>36 Ct) складае 4% (Малюнак 1). З іншага боку ў аналізе BGI SARS-CoV-2 працэнт генаў ORF1a/b з высокімі значэннямі Ct (>36 Ct) склаў 4% (рыс. 1). З іншага боку, у аналізе BGI SARS-CoV-2 працэнт генаў ORF1a/b з высокімі значэннямі Ct ​​(>36 Ct) склаў 4% (мал. 1).
У гэтым даследаванні мы ўзялі 164 узоры з насаглоткі. Для ўсіх тыпаў аналізаў вылучэнне і ампліфікацыя РНК праводзіліся з выкарыстаннем метадаў і набораў, рэкамендаваных адпаведнымі вытворцамі.
Гэта даследаванне паказала, што тэст Эбата на SARS-CoV-2 мае такую ​​ж эфектыўнасць выяўлення, як і CRS, са 100% станоўчымі, адмоўнымі і агульнай супадзеннем. Каэфіцыент супадзення каппы Коэна складае 1,00, што сведчыць аб поўнай супадзенні з CRS. Падобнае даследаванне, праведзенае Вашынгтонскім універсітэтам у ЗША, паказала, што агульная адчувальнасць і спецыфічнасць тэсту Эбата на SARS-CoV-2 складалі 93% і 100% адпаведна ў параўнанні з лабараторна вызначаным аналізам (LDA) CDC. 11. Сістэма выяўлення SARS-CoV-2 Эбата заснавана на адначасовым камбінаваным выяўленні генаў N і RdRp, паколькі абодва гены больш адчувальныя, што мінімізуе ілжываадмоўныя вынікі12. Даследаванне, праведзенае ў Вене, Аўстрыя, таксама паказала, што вялікія аб'ёмы экстракцыі ўзору і аб'ёмы элюента для выяўлення мінімізуюць эфекты развядзення і павышаюць эфектыўнасць выяўлення13. Такім чынам, ідэальнае супадзенне Abbott для аналізу SARS-CoV-2 можа быць звязана з сістэмай выяўлення платформы, якая адначасова выяўляе камбінаторныя гены, экстрагуе вялікую колькасць узораў (0,5 мл) і выкарыстоўвае вялікую колькасць элюента (40 мкл).
Нашы вынікі таксама паказалі, што эфектыўнасць выяўлення генетычнага тэсту Даана была практычна такой жа, як і ў CRS. Гэта адпавядае даследаванню14, праведзенаму ва ўніверсітэце Аньхой у Хуайнані, Кітай, і заяве вытворцы аб 100% станоўчай адпаведнасці. Нягледзячы на ​​паведамленні аб аднолькавых выніках, адзін узор быў ілжываадмоўным пасля паўторнага тэставання таго ж элюата, але быў станоўчым у аналізах Abbott SARS-CoV-2 і Sansure Biotech nCoV-2019. Гэта сведчыць аб тым, што вынікі могуць адрознівацца ў залежнасці ад тыпу аналізаў. Тым не менш, у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынік аналізу Daan Gene значна адрозніваўся (p < 0,05) у параўнанні з іх лабараторна вызначаным эталонным аналізам. Тым не менш, у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынік аналізу Daan Gene значна адрозніваўся (p < 0,05) у параўнанні з іх лабараторна вызначаным эталонным аналізам. Тэма не менш, у даследаванні, праведзеным у Кітае15, вынік аналізу Daan Gene значна адрозніваўся (p <0,05) ад іх лабараторнага эталонного аналізу. Аднак у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынік аналізу Daan Gene значна адрозніваўся (p < 0,05) ад аналізу, праведзенага іх лабараторнымі ўстановамі.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异＂(p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Аднак у даследаванні, праведзеным у Кітае15, вынікі генетычнага тэсту Daan значна адрозніваліся (p <0,05) у параўнанні з яго эталонным лабараторным тэстам. Аднак у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынікі генетычнага тэсту Даана значна адрозніваліся (p < 0,05) у параўнанні з тэстам рэферэнснай лабараторыі.Гэта разыходжанне можа быць звязана з адчувальнасцю эталоннага тэсту для выяўлення SARS-CoV-2, і для вызначэння прычыны могуць спатрэбіцца далейшыя даследаванні.
Акрамя таго, у нашым даследаванні ацэньвалася параўнальная эфектыўнасць аналізу BGI на SARS-CoV-2 з CRS, што паказвае выдатную працэнтную адпаведнасць станоўчых вынікаў (PPA = 97,9%), працэнтную адпаведнасць адмоўных вынікаў (NPA = 100%) і агульную працэнтную адпаведнасць па полу (OPA). = 98,8%). Значэнні Каппы Коэна паказалі добрую адпаведнасць (K = 0,975). Даследаванні, праведзеныя ў Нідэрландах16 і Кітаі15, паказалі ўзгодненыя вынікі. Тэст BGI на SARS-CoV-2 - гэта тэст на выяўленне аднаго гена (ORF1a/b) з выкарыстаннем 10 мкл элюата ампліфікацыі/выяўлення. Нягледзячы на ​​добрую статыстычную адпаведнасць з нашымі эталоннымі вынікамі, аналіз прапусціў два станоўчыя ўзоры (1,22%) ад агульнай колькасці ўзору. Гэта можа мець велізарныя клінічныя наступствы для дынамікі перадачы як на ўзроўні пацыента, так і на ўзроўні супольнасці.
Яшчэ адзін параўнальны аналіз, уключаны ў гэта даследаванне, — гэта аналіз Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); агульны працэнт супадзення склаў 96,3%. Сіла супадзення таксама вызначалася значэннем Каппы Коэна, якое складала 0,925, што сведчыць аб поўнай адпаведнасці з CRS. Зноў жа, нашы вынікі ідэнтычныя даследаванням, праведзеным у Цэнтральна-Паўднёва-Універсітэце ў Чанша, Кітай, і ў клінічнай лабараторнай бальніцы Лючжоу, горад Лючжоу, Кітай17. Нягледзячы на ​​вышэйзгаданую добрую статыстычную адпаведнасць, крытэрый хі-квадрат (крытэрый Мак-Немара) паказаў, што вынік аналізу Sansure Biotech меў статыстычна значную розніцу ў параўнанні з CRS (p < 0,005). Нягледзячы на ​​вышэйзгаданую добрую статыстычную адпаведнасць, крытэрый хі-квадрат (крытэрый Мак-Немара) паказаў, што вынік аналізу Sansure Biotech меў статыстычна значную розніцу ў параўнанні з CRS (p < 0,005). Нягледзячы на ​​​​тое, што было зафіксавана ўказанае вышэй добрае статыстычнае адпаведнасць, крытэрый хі-квадрат (крытэрый Макнемара) паказаў, што вынік аналізу Sansure Biotech мае статыстычна значнае адрозненне ў параўнанні з CRS (p <0,005). Нягледзячы на ​​тое, што была зафіксавана добрая статыстычная адпаведнасць, крытэрый хі-квадрат (крытэрый Мак-Немара) паказаў, што вынік аналізу Sansure Biotech меў статыстычна значную розніцу ў параўнанні з CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异＂ (р <0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。))）) Нягледзячы на ​​​​тое, што адзначанае вышэй добрае статыстычнае адпаведнасць, крытэрый хі-квадрат (крытэрый Макнемара) паказаў статыстычна значную разніцу (p <0,005) паміж аналізам Sansure Biotech і CRS. Нягледзячы на ​​вышэйзгаданую добрую статыстычную адпаведнасць, крытэрый хі-квадрат (крытэрый Мак-Немара) паказаў статыстычна значную розніцу (p < 0,005) паміж аналізам Sansure Biotech і CRS.Шэсць узораў (3,66%) аказаліся ілжываадмоўнымі ў параўнанні з CRS (Дадатковая табліца 1); гэта вельмі важна, асабліва ўлічваючы дынаміку перадачы віруса. Вышэйпаказаныя дадзеныя таксама пацвярджаюць гэты нізкі ўзровень выяўлення15.
У гэтым даследаванні значэнні Ct былі вызначаны для кожнага аналізу і адпаведнай платформы, прычым самае нізкае сярэдняе значэнне Ct было зарэгістравана ў аналізе Abbott SARS-CoV-2. Гэты вынік можа быць звязаны з адначасовай камбінаванай генетычнай сістэмай тэсціравання Abbott для выяўлення SARS-CoV-2. Такім чынам, згодна з малюнкам 1, 87,6% вынікаў Abbott SARS-CoV-2 мелі значэнні Ct ніжэй за 20. Толькі невялікая колькасць вынікаў узораў (12,4%) знаходзілася ў дыяпазоне 20-30. Значэнні Ct вышэй за 30 не былі зафіксаваны. Акрамя выкарыстання Abbott фармату генетычнага тэсціравання панэлі SARS-CoV-2, гэты вынік можа быць звязаны з ніжняй мяжой выяўлення (32,5 копій РНК/мл)18, якая ў тры разы ніжэйшая за ніжнюю мяжу кампаніі ў 100 копій РНК/мл)19.
Гэта даследаванне мае некаторыя абмежаванні: па-першае, у нас няма стандартных/эталонных метадаў [такіх як вірусная нагрузка або іншыя лабараторныя тэсты (LDA)] з-за недахопу рэсурсаў. Па-другое, усе ўзоры, якія выкарыстоўваліся ў гэтым даследаванні, былі мазкамі з насаглоткі, у той час як вынікі не падыходзілі для іншых тыпаў узораў, і па-трэцяе, памер нашай выбаркі быў невялікі.
У гэтым даследаванні параўноўваліся вынікі чатырох аналізаў rRT-PCR на SARS-CoV-2 з выкарыстаннем узораў з насаглоткі. Усе аналізы выяўлення мелі амаль параўнальную эфектыўнасць, за выключэннем аналізу Sansure Biotech. Акрамя таго, у аналізе Sansure Biotech быў выяўлены нізкі ўзровень станоўчасці ў параўнанні з CRS (p < 0,05). Акрамя таго, у аналізе Sansure Biotech быў выяўлены нізкі ўзровень станоўчасці ў параўнанні з CRS (p < 0,05). Акрамя таго, у тэсце Sansure Biotech быў выяўлены нізкі працэнт станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (p <0,05). Акрамя таго, тэст Sansure Biotech паказаў нізкі працэнт станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05). Акрамя таго, аналіз Sansure Biotech меў больш нізкі ўзровень станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (p <0,05). Акрамя таго, аналіз Sansure Biotech меў больш нізкі ўзровень станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (p < 0,05).Аналіз Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA і агульнай супадзенасці перавысіў 93,5% са значэннем супадзення па шкале Коэна Каппы 0,925. Нарэшце, аналіз Sansure Biotech (RUO) патрабуе дадатковай праверкі для выкарыстання ў Эфіопіі, і варта разгледзець дадатковыя даследаванні для ацэнкі заяў асобных вытворцаў.
Параўнальнае даследаванне было праведзена ў чатырох медыцынскіх установах Адыс-Абебы: бальніцы Эка Котэбе, лячэбным цэнтры царквы тысячагоддзя, мемарыяльнай бальніцы Зевудзіту і спецыялізаванай бальніцы па туберкулёзе Святога Пятра. Дадзеныя былі сабраны ў перыяд з 1 па 31 снежня 2020 года. Медыцынскія ўстановы для гэтага даследавання былі выбраны мэтанакіравана зыходзячы з вялікай колькасці выпадкаў захворвання і наяўнасці буйных лячэбных цэнтраў у горадзе. Аналагічна, прыборы, у тым ліку прыборы для ПЦР у рэжыме рэальнага часу ABI 7500 і Abbott m2000, былі выбраны ў адпаведнасці з рэкамендацыямі вытворцаў рэагентаў NAAT, і для гэтага даследавання былі выбраны чатыры наборы для выяўлення ПЦР, паколькі большасць лабараторый у Эфіопіі выкарыстоўвалі як мінімум чатыры з іх. Падчас даследавання былі праведзены генны тэст, тэст Abbott SARS-CoV-2, тэст Sansure Biotech і тэст SARS-CoV-2 BGI.
Тэставанне на SARS-CoV-2 праводзілася з 1 па 30 снежня 2020 года з выкарыстаннем 3 мл віруснага транспартнага асяроддзя (VTM) (Miraclean Technology, Шэньчжэнь, Кітай) у асоб, якія знаходзіліся пад следствам на COVID-19 і былі накіраваны ў EPHI. Узоры з насаглоткі былі сабраны падрыхтаванымі зборшчыкамі ўзораў і адпраўлены ў EPHI ў патройных упакоўках. Перад вылучэннем нуклеінавых кіслот кожнаму ўзору прысвойваецца ўнікальны ідэнтыфікацыйны нумар. Экстракцыя праводзіцца з кожнага ўзору адразу пасля яго паступлення з выкарыстаннем ручных і аўтаматычных метадаў экстракцыі. Такім чынам, для аўтаматычнай экстракцыі Abbott m2000 з кожнага ўзору было вынята 1,3 мл (уключаючы 0,8 мл мёртвага аб'ёму і 0,5 мл уваходнага аб'ёму экстракцыі) і прапушчана праз сістэму падрыхтоўкі ўзораў Abbott DNA (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ЗША). Партыя з 96 [92 узоры, два кантрольныя ўзоры выяўлення і два кантрольныя ўзоры без шаблону (NTC)] была ўключана ў агульны працэс (атрыманне і выяўленне) двух раўндаў SARS-CoV-2 (EUA) у рэжыме рэальнага часу. майнінг. Аналагічна, для ручной экстракцыі выкарыстоўвайце тыя ж узоры (для аўтаматычнай экстракцыі і выяўлення). Такім чынам, на працягу ўсяго працэсу 140 мкл узораў былі аліквотаваны і экстрагаваны з выкарыстаннем набору QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Хільдэн, Германія) партыямі па 24 (у тым ліку 20 узораў, два кантрольныя ўзоры і два NTC) на працягу дзевяці раўндаў. Элюаты, экстрагаваныя ўручную, былі ампліфікаваны і выяўлены з дапамогай тэрмацыклера ABI 7500 з выкарыстаннем аналізу SARS-CoV-2 BGI, аналізу Daan Gene і аналізу Sansure Biotech.
Аўтаматызаванае вылучэнне і ачыстка віруснай РНК SARS-CoV-2 ажыццяўляецца па прынцыпе магнітных шарыкаў з выкарыстаннем рэагентаў для падрыхтоўкі ўзораў ДНК Abbott. Інактывацыя ўзораў і растварэнне вірусных часціц ажыццяўляецца з выкарыстаннем дэтэргента, які змяшчае гуанідзінізацыянат, для дэнатурацыі бялку і інактывацыі РНКазы. Затым РНК аддзяляецца ад бялку шляхам цвёрдафазнага падзелу з выкарыстаннем дыяксіду крэмнію, г.зн. соль гуанідынію і шчолачны pH лізіснага буфера спрыяюць звязванню нуклеінавых кіслот з дыяксідам крэмнію (SiO2). Этап прамывання выдаляе рэшткі бялкоў і рэшткі матэрыялу для атрымання празрыстага раствора. Празрыстая РНК вылучаецца з мікрачасціц на аснове дыяксіду крэмнію з выкарыстаннем магнітнага поля прыбора20,21. З іншага боку, ручное вылучэнне і ачыстка РНК ажыццяўляецца метадам спін-калонкі з выкарыстаннем цэнтрыфугавання замест магнітнага штатыва і аддзялення мікрачасціц ад элюента.
Тэст Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) быў праведзены ў адпаведнасці з інструкцыямі вытворцы, якія атрымалі EUA19,22 ад СААЗ і FDA. У гэтым пратаколе інактывацыя ўзору перад экстракцыяй праводзілася ў вадзяной лазні пры тэмпературы 56 °C на працягу 30 хвілін. Пасля інактывацыі віруса экстракцыя нуклеінавых кіслот праводзілася на прыборы Abbott m2000 SP з 0,5 мл VTM з выкарыстаннем сістэмы падрыхтоўкі ўзораў ДНК Abbott m2000, у адпаведнасці з інструкцыямі вытворцы. Ампліфікацыя і дэтэкцыя праводзіліся з выкарыстаннем прыбора Abbott m2000 RT-PCR, а для генаў RdRp і N праводзілася двайное дэтэктаванне. Для таргетынгу і дэтэктавання ўнутраных кантроляў выкарыстоўваліся ROX) і VIC-P (запатэнтаваны фарбавальнік), што дазваляла адначасова выяўляць абодва прадукты ампліфікацыі19.
Метад выяўлення ампліфікацыі гэтага набору заснаваны на тэхналогіі аднаэтапнай ПЛР у рэжыме рэальнага часу. Гены ORF1a/b і N былі адабраны ў якасці кансерватыўных рэгіёнаў кампаніяй Daan Gene Technology для выяўлення ампліфікацыі мэтавага рэгіёна. Для выяўлення РНК SARS-CoV-2 ва ўзорах былі распрацаваны спецыфічныя праймеры і флуарэсцэнтныя зонды (зонды гена N, пазначаныя FAM, зонды ORF1a/b, пазначаныя VIC). Канчатковы элюент і асноўныя сумесі былі падрыхтаваны шляхам дадання 5 мкл элюента да 20 мкл асноўнай сумесі да канчатковага аб'ёму 25 мкл. Ампліфікацыя і дэтэкцыя праводзіліся адначасова на прыборы для ПЛР у рэжыме рэальнага часу ABI 750024.
Гены ORF1a/b і N былі выяўлены з дапамогай набору для дыягностыкі нуклеінавых кіслот Sansure Biotech nCoV-2019 (флуарэсцэнтная ПЦР-дэтэкцыя). Падрыхтуйце спецыфічныя зонды для кожнага мэтавага гена, выбраўшы канал FAM для вобласці ORF1a/b і канал ROX для гена N. У гэты набор для аналізу дадайце элюент і рэагенты master mix наступным чынам: падрыхтуйце 30 мкл рэагента master mix і 20 мкл элюяванага ўзору для дэтэкцыі/ампліфікацыі. Для ампліфікацыі/дэтэкцыі выкарыстоўвалася ПЦР у рэжыме рэальнага часу ABI 750025.
Тэст SARS-CoV-2 BGI — гэта флуарэсцэнтны набор для ПЛР у рэжыме рэальнага часу з рэгулярным адлюстраваннем у рэжыме рэальнага часу для дыягностыкі COVID-19. Мэтавая вобласць размешчана ў вобласці ORF1a/b геному SARS-CoV-2, што з'яўляецца метадам выяўлення аднаго гена. Акрамя таго, ген хатняга гаспадарання чалавека β-акцін з'яўляецца ўнутрана рэгуляваным мэтавым генам. Мастэр-сумесь рыхтуецца шляхам змешвання 20 мкл рэагента master mix і 10 мкл экстрагаванага ўзору РНК у лункавым пласціне26. Для ампліфікацыі і выяўлення выкарыстоўваўся флуарэсцэнтны колькасны прыбор для ПЛР у рэжыме рэальнага часу ABI 7500. Усе ампліфікацыі нуклеінавых кіслот, умовы правядзення ПЛР для кожнага аналізу і інтэрпрэтацыя вынікаў праводзіліся ў адпаведнасці з інструкцыямі адпаведнага вытворцы (табліца 3).
У гэтым параўнальным аналізе мы не выкарыстоўвалі метад эталоннага стандарту для вызначэння працэнта супадзення (станоўчага, адмоўнага і агульнага) і іншых параметраў параўнання для чатырох аналізаў. Кожнае параўнанне тэстаў праводзілася з дапамогай CRS, у гэтым даследаванні CRS усталёўваўся па правіле «любы станоўчы», і вынік вызначаўся не адным тэстам, мы выкарыстоўвалі як мінімум два супадаючыя вынікі тэстаў. Акрамя таго, у выпадку перадачы COVID-19 ілжываадмоўныя вынікі больш небяспечныя, чым ілжывастаноўчыя. Такім чынам, каб як мага дакладней сказаць «станоўчы» вынік CRS, як мінімум два аналізы павінны быць станоўчымі, гэта значыць, што як мінімум адзін станоўчы вынік, верагодна, будзе атрыманы з аналізу EUA. Такім чынам, з чатырох вынікаў тэстаў два або больш вынікаў тэстаў, якія даюць аднолькавы вынік, лічацца сапраўды станоўчымі або адмоўнымі18,27.
Дадзеныя збіраліся з выкарыстаннем структураваных формаў вымання даных, увод і аналіз даных праводзіліся з выкарыстаннем статыстычнага праграмнага забеспячэння Excel і SPSS версіі 23.0 для апісальнай статыстыкі. Былі прааналізаваны станоўчыя, адмоўныя і агульныя працэнты супадзення, а для вызначэння ступені супадзення кожнага метаду з CRS выкарыстоўваўся каэфіцыент Каппы. Значэнні Каппы інтэрпрэтуюцца наступным чынам: ад 0,01 да 0,20 для лёгкага супадзення, ад 0,21 да 0,40 для агульнага супадзення, 0,41-0,60 для ўмеранага супадзення, 0,61-0,80 для значнага супадзення і 0,81-0,99 для поўнага супадзення28.
Этычная згода была атрымана ад Універсітэта Адыс-Абебы, і ўсе эксперыментальныя пратаколы для гэтага даследавання былі ўхвалены Навукова-этычнай камісіяй Інстытута грамадскага здароўя Эфіопіі. Рэферэнсны нумар ліцэнзіі EPHI па этыцы - EPHI/IRB-279-2020. Усе метады былі ўжытыя ў адпаведнасці з рэкамендацыямі і палажэннямі Нацыянальных комплексных рэкамендацый па лячэнні COVID-19 Эфіопіі. Акрамя таго, перад удзелам у даследаванні была атрымана пісьмовая інфармаваная згода ад усіх удзельнікаў даследавання.
Усе дадзеныя, атрыманыя або прааналізаваныя ў гэтым даследаванні, уключаны ў гэты апублікаваны артыкул. Дадзеныя, якія пацвярджаюць вынікі гэтага даследавання, даступныя ў адпаведнага аўтара па разумным запыце.
Сусветная арганізацыя аховы здароўя. Рэкамендацыі па стратэгіях лабараторнага тэсціравання на COVID-19: Часовае кіраўніцтва, 21 сакавіка 2020 г. № WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (СААЗ, 2020).
Муліу, Д.С., Пантазопулас, І. і Гургуляніс, К.І. Разумная дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: усё ў практыцы. Муліу, Д.С., Пантазопулас, І. і Гургуляніс, К.І. Разумная дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: усё ў практыцы.Муліу, Д.С., Пантазопулас, І. і Гургуляніс, К.І. Інтэлектуальная дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: усё на практыцы.Муліу Д.С., Пантазопулас І. і Гургуляніс К.І. Інтэлектуальная дыягностыка COVID-19 у аддзяленнях неадкладнай дапамогі: комплексная інтэграцыя на практыцы. Эксперт Reverend Respire. Medicine. 3, 263–272 (2022).
Мітчэл, С.Л. і Сэнт-Джордж, К. Ацэнка аналізу COVID19 ID NOW EUA. Мітчэл, С.Л. і Сэнт-Джордж, К. Ацэнка аналізу COVID19 ID NOW EUA.Мітчэл, С.Л. і Сэнт-Джордж, К. Ацэнка аналізу COVID19 ID NOW EUA.Мітчэл С.Л. і Сэнт-Джордж К. Ацэнка аналізу COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
СААЗ. Лабараторнае выяўленне каранавіруснай хваробы 2019 года (COVID-19) пры падазрэнні на захворванне ў людзей. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (дата доступу: 15 жніўня 2020 г.) (СААЗ, 2020).
Удугама, Б. і інш. Дыягностыка COVID-19: захворванні і інструменты тэсціравання. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Сайед С. і інш. Стварэнне Каледжа паталагаанатамаў Усходняй, Цэнтральнай і Паўднёвай Афрыкі – Рэгіянальнай школы паталогіі Блізкага Усходу і Паўднёвай Афрыкі. Афрыка. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Эфіопскі інстытут грамадскага здароўя, Федэральнае міністэрства аховы здароўя. Часовая нацыянальная стратэгія і кіраўніцтва па лабараторнай дыягностыцы COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (дата доступу: 12 жніўня 2020 г.) (EPHI, 2020).
Валошын, С., Патэль, Н. і Кесельхайм, А.С. Ілжываадмоўныя тэсты на інфекцыю SARS-CoV-2: праблемы і наступствы. Валошын, С., Патэль, Н. і Кесельхайм, А.С. Ілжываадмоўныя тэсты на інфекцыю SARS-CoV-2: праблемы і наступствы.Валошын С., Патэль Н. і Кесельхайм А.С. Ілжываадмоўныя тэсты на інфекцыі SARS-CoV-2 і іх наступствы.Валошын С., Патэль Н. і Кесельхайм А.С. Ілжываадмоўныя тэсты на правакацыю і ўплыў інфекцыі SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Муліу, Д.С. і Гургуляніс, К.І. Ілжывапазітыўныя і ілжываадмоўныя выпадкі COVID-19: стратэгіі прафілактыкі і лячэння рэспіраторных захворванняў, вакцынацыя і далейшыя перспектывы. Муліу, Д.С. і Гургуляніс, К.І. Ілжывапазітыўныя і ілжываадмоўныя выпадкі COVID-19: стратэгіі прафілактыкі і лячэння рэспіраторных захворванняў, вакцынацыя і далейшыя перспектывы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: рэспіраторная прафілактыка і стратэгія лячэння, вакцынацыя і далейшыя перспектывы. Муліу, Д.С. і Гургуляніс, К.І. Ілжывапазітыўныя і ілжываадмоўныя выпадкі COVID-19: стратэгіі прафілактыкі і лячэння дыхальных шляхоў, вакцынацыя і шляхі далейшага развіцця.Муліу, Д.С. і Гургуляніс, К.І. Ілжывастаноўчыя і ілжываадмоўныя выпадкі COVID-19: стратэгіі прафілактыкі і лячэння рэспіраторных захворванняў, вакцынацыя і шляхі далейшага развіцця. Эксперт Reverend Respire. медыцына. 15(8), 993–1002 (2021).
Муліу, Д.С., Іааніс, П. і Канстанцінас, Г. Дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: бачыць дрэва, але губляць лес. Муліу, Д.С., Іааніс, П. і Канстанцінас, Г. Дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: бачыць дрэва, але губляць лес.Муліу, Д.С., Іааніс, П. і Канстанцінас, Г. Дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: убачыш дрэва, страціш лес.Муліу Д.С., Іааніс П. і Канстанцінас Г. Дыягностыка COVID-19 у аддзяленнях хуткай дапамогі: лесу недастаткова для дрэў. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дэльі-Анджэлі, Э. і інш. Валідацыя і праверка аналітычных і клінічных характарыстык аналізу Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных рэгіёнаў геному COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR. Молеі, Г.Р., Афшар, А.А., Калантар-Нейестанакі, Д., Фазлаліпур, М. і Афлатунян, Б. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных рэгіёнаў геному COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR.Молеі, Г.Р., Афшар, А.А., Калантар-Нейестанакі, Д., Фазлаліпур, М. і Афлатунян, Б. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных рэгіёнаў геному COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。. Молеі, Г.Р., Афшар, А.А., Калантар-Нейестанакі, Д., Фазлаліпур, М. і Афлатунян, Б. Параўнанне 5 розных генетычных рэгіёнаў COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR.Молеі Г.Р., Афшар А.А., Калантар-Нейестанакі Д., Фазлаліпур М. і Афлатунян Б. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных рэгіёнаў геному COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR.Іран. Журнал мікрабіялогіі. 12(3), 185 (2020).
Гёртцэр, І. і інш. Папярэднія вынікі нацыянальнай праграмы знешняй ацэнкі якасці выяўлення паслядоўнасцей геному SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ван, М. і інш. Аналітычная ацэнка эфектыўнасці пяці набораў RT-PCR для цяжкага вострага рэспіраторнага сіндрому каранавіруса 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Ван Б. і інш. Ацэнка сямі камерцыйна даступных у Кітаі набораў для выяўлення РНК SARS-CoV-2 на аснове палімеразнай ланцуговай рэакцыі (ПЛР) у рэжыме рэальнага часу. клінічная. хімічная. лабараторная. медыцына. 58(9), e149–e153 (2020).
ван Кастэрэн, П.Б. і інш. Параўнанне сямі камерцыйных дыягнастычных набораў для COVID-19 з выкарыстаннем RT-PCR. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Лу, Ю і інш. Параўнанне дыягнастычнай эфектыўнасці двух ПЛР-набораў для выяўлення нуклеінавых кіслот SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Лефарт, П.Р. і інш. Параўнальнае даследаванне чатырох платформаў для тэставання ампліфікацыі нуклеінавых кіслот (NAAT) SARS-CoV-2 паказала, што прадукцыйнасць ID NOW значна пагаршалася ў залежнасці ад пацыента і тыпу ўзору. дыягназ. мікрабіялогія. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Малекула Abbott. Укладыш да камплектацыі па аналізе SARS-CoV-2 у рэжыме рэальнага часу ад Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Па стане на 10 жніўня 2020 г.) (2020).
Кляйн, С. і інш. Вылучэнне РНК SARS-CoV-2 з выкарыстаннем магнітных шарыкаў для хуткага выяўлення ў вялікіх маштабах з дапамогай RT-qPCR і RT-LAMP. Вірус 12(8), 863 (2020).