Выкананне чатырох аналізаў ампліфікацыі нуклеінавых кіслот для ідэнтыфікацыі SARS-CoV-2 у Эфіопіі

Дзякуй за наведванне Nature.com. Вы выкарыстоўваеце версію браўзера з абмежаванай падтрымкай CSS. Для найлепшага вопыту мы рэкамендуем вам выкарыстоўваць абноўлены браўзер (або адключыць рэжым сумяшчальнасці ў Internet Explorer). Акрамя таго, каб забяспечыць пастаянную падтрымку, мы паказваем сайт без стыляў і JavaScript.
Адлюстроўвае карусель з трох слайдаў адначасова. Выкарыстоўвайце кнопкі «Папярэдні» і «Наступны», каб перамяшчацца па трох слайдах адначасова, або выкарыстоўвайце кнопкі паўзунка ў канцы, каб перамяшчацца па трох слайдах адначасова.
Пасля ўспышкі каранавіруснай хваробы (COVID-19) у 2019 годзе па ўсім свеце было распрацавана мноства камерцыйных тэстаў ампліфікацыі нуклеінавых кіслот (NAAT), якія сталі стандартнымі аналізамі. Нягледзячы на ​​​​тое, што некалькі тэстаў былі хутка распрацаваны і ўжытыя для лабараторных дыягнастычных тэстаў, эфектыўнасць гэтых тэстаў не была ацэненая ў розных умовах. Такім чынам, гэта даследаванне было накіравана на ацэнку эфектыўнасці аналізаў Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI і Sansure Biotech з выкарыстаннем кампазітнага эталоннага стандарту (CRS). Даследаванне праводзілася ў Інстытуце грамадскага аховы здароўя Эфіопіі (EPHI) з 1 па 30 снежня 2020 г. 164 пробы з насаглоткі былі вынятыя з дапамогай міні-набору QIAamp RNA і сістэмы падрыхтоўкі пробаў ДНК Abbott. З 164 узораў 59,1% былі станоўчымі і 40,9% былі адмоўнымі на CRS. Пазітыўнасць Sansure Biotech была значна нізкай у параўнанні з CRS (р <0,05). Пазітыўнасць Sansure Biotech была значна нізкай у параўнанні з CRS (р <0,05). Пазітыўныя вынікі Sansure Biotech былі значна ніжэй у параўнанні з CRS (p <0,05). Станоўчыя вынікі Sansure Biotech былі значна ніжэйшымі ў параўнанні з CRS (р <0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低．(p <0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低．(p <0,05). У Sansure Biotech было значна менш станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (p <0,05). Sansure Biotech дала значна менш станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (р <0,05).Агульная згода чатырох аналізаў склала 96,3–100% у параўнанні з CRS. У дадатак да нізкага ўзроўню пазітыўнасці аналізу Sansure Biotech, прадукцыйнасць чатырох аналізаў была амаль супастаўная. Такім чынам, аналіз Sansure Biotech [толькі для даследаванняў (RUO)] патрабуе дадатковай праверкі для выкарыстання ў Эфіопіі. Нарэшце, неабходна правесці дадатковыя даследаванні для ацэнкі аналізаў з адпаведнымі заявамі вытворцы.
Лабараторныя даследаванні з'яўляюцца часткай Стратэгічнага плана Сусветнай арганізацыі аховы здароўя (СААЗ) па падрыхтоўцы і рэагаванні на каранавірусную хваробу (COVID-19) на 2019 г. (SPRP). СААЗ рэкамендуе краінам нарошчваць лабараторны патэнцыял для павышэння гатоўнасці, належнага вядзення выпадкаў, пільнасці і хуткага рэагавання на праблемы грамадскага аховы здароўя. Гэта сведчыць аб тым, што роля лабараторыі з'яўляецца ключавой для характарыстыкі хваробы і эпідэміялогіі ўзнікаючых інфекцыйных агентаў і кантролю за іх распаўсюджваннем.
Для дыягназу COVID-19 патрабуецца эпідэміялагічная і медыцынская інфармацыя, асабістыя сімптомы/прыкметы, а таксама рэнтгеналагічныя і лабараторныя дадзеныя2. Пасля таго, як у горадзе Ухань, Кітай, была зарэгістравана ўспышка COVID-19, ва ўсім свеце было распрацавана мноства камерцыйных тэстаў ампліфікацыі нуклеінавых кіслот (NAAT). Палімеразная ланцуговая рэакцыя са зваротнай транскрыпцыяй у рэальным часе (rRT-PCR) выкарыстоўваецца ў якасці звычайнага і стандартнага метаду лабараторнай дыягностыкі інфекцыі цяжкага вострага рэспіраторнага сіндрому 2 (SARS-CoV-2)3. Малекулярнае выяўленне SARS-CoV-2 звычайна заснавана на генах N (ген бялку нуклеакапсіду), E (ген бялку абалонкі) і RdRp (ген РНК-залежнай РНК-палімеразы) у ORF1a/b (адкрытая рамка счытвання 1a/b) . ген) вобласць, ідэнтыфікаваная з геному віруса. Яны лічацца асноўнымі захаванымі ўчасткамі вірусных геномаў для распазнавання вірусаў4. Сярод гэтых генаў гены RdRp і E маюць высокую аналітычную адчувальнасць выяўлення, у той час як ген N мае нізкую аналітычную адчувальнасць5.
Прадукцыйнасць аналізаў ПЦР можа вар'іравацца ў залежнасці ад розных фактараў, такіх як: экстракцыйныя рэагенты, рэагенты для ампліфікацыі/выяўлення, метад экстракцыі, якасць апарата ПЦР і іншых інструментаў. Па стане на красавік 2020 года больш за 48 розных дыягнастычных прылад з дзевяці краін атрымалі дазвол на экстранае выкарыстанне (EUA) для дыягностыкі COVID-196. У Эфіопіі больш за 14 платформ ПЦР у рэжыме рэальнага часу выкарыстоўваюцца для ПЦР-выяўлення SARS-CoV-2 у 26 установах аховы здароўя, у тым ліку ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 і Quant-studio7. Акрамя таго, даступныя розныя наборы тэстаў ПЦР, такія як тэст Daan Gene, тэст Abbott SARS-CoV-2, тэст Sansure Biotech і тэст SARS-CoV-2 BGI. Хоць rRT-PCR вельмі адчувальная, некаторыя пацыенты з COVID-19 паведамляюць пра ілжываадмоўныя вынікі з-за недастатковай колькасці копій віруснай рыбануклеінавай кіслаты (РНК) у пробах з-за няправільнага збору, транспарціроўкі, захоўвання і апрацоўкі, а таксама лабараторных даследаванняў. умоў і дзеянняў персонала8. Акрамя таго, няправільнае абыходжанне з узорам або кантролем, усталяванне парогавага значэння цыклу (Ct) і перакрыжаваная рэактыўнасць з іншымі патагеннымі нуклеінавымі кіслотамі або неактыўнай/рэшткавай РНК SARS-CoV-2 могуць прывесці да прытворнададатных вынікаў аналізаў rRT-PCR9. Такім чынам, відавочна, што ПЦР-тэсты сапраўды могуць ідэнтыфікаваць носьбітаў фрагментаў генаў, паколькі яны нават не могуць адрозніць сапраўды актыўныя вірусныя гены, таму тэсты могуць ідэнтыфікаваць толькі носьбітаў, а не пацыентаў10. Такім чынам, у нашых умовах важна ацэньваць эфектыўнасць дыягностыкі з дапамогай стандартных метадаў. Нягледзячы на ​​​​тое, што многія рэагенты NAAT даступныя ў Інстытуце грамадскага аховы здароўя Эфіопіі (EPHI) і па ўсёй краіне, пакуль не паведамляецца пра параўнальную ацэнку іх эфектыўнасці. Такім чынам, гэта даследаванне было накіравана на ацэнку параўнальнай эфектыўнасці камерцыйна даступных набораў для выяўлення SARS-CoV-2 метадам rRT-PCR з выкарыстаннем клінічных узораў.
У гэтым даследаванні былі ўключаны 164 удзельнікі з падазрэннем на COVID-19. Большасць узораў былі з лячэбных цэнтраў (118/164 = 72%), а астатнія 46 (28%) удзельнікаў былі з нелячэбных цэнтраў. Сярод удзельнікаў, якія не лячыліся ў цэнтры, 15 (9,1%) мелі клінічна падазраваныя выпадкі, а 31 (18,9%) мелі кантакты з пацверджанымі выпадкамі. Дзевяноста тры (56,7%) удзельніка былі мужчынамі, а сярэдні (± SD) узрост удзельнікаў складаў 31,10 (± 11,82) года.
У гэтым даследаванні былі вызначаны станоўчыя і адмоўныя паказчыкі чатырох тэстаў на COVID-19. Такім чынам, станоўчыя паказчыкі аналізаў Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI і Sansure Biotech 2019-nCoV склалі адпаведна 59,1%, 58,5%, 57,9% і 55,5% . Станоўчы і адмоўны сумарны рэферэнтны стандарт (CRS) балы былі 97 (59,1%) і 67 (40,9%) адпаведна (табліца 1). У гэтым даследаванні вызначэнне CRS было заснавана на правіле «любы станоўчы вынік», паводле якога з чатырох вынікаў тэстаў два або больш вынікаў тэстаў, якія далі аднолькавы вынік, лічыліся сапраўды станоўчымі або адмоўнымі.
У гэтым даследаванні мы выявілі адмоўнае працэнтнае згоду (NPA) у 100% (95% дзі 94,6-100) для ўсіх аналізаў у параўнанні з CRS. Аналіз Sansure Biotechnology паказаў мінімальны PPA 93,8% (95% дзі 87,2-97,1), а аналіз Daan Gene 2019-nCoV меў агульную згоду 99,4% (95% дзі 96,6-99,9). Наадварот, агульная супадзенне паміж аналізам SARS-CoV-2 BGI і аналізам Sansure Biotech 2019-nCoV склала 98,8% і 96,3% адпаведна (табліца 2).
Каэфіцыент каппа Коэна паміж вынікамі аналізу CRS і SARS-CoV-2 ад кампаніі Abbott цалкам супадае (K = 1,00). Падобным чынам значэнні каппа Коэна, выяўленыя Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI і Sansure Biotech 2019-nCoV, таксама цалкам адпавядаюць CRS (K ≥ 0,925). У гэтым параўнальным аналізе тэст хі-квадрат (тэст МакНемара) паказаў, што вынікі аналізу Sansure Biotech 2019-nCoV істотна адрозніваюцца ад вынікаў CRS (p = 0,031) (табліца 2).
Як паказана на мал.1 працэнт самага нізкага значэння Ct (< 20 Ct) у аналізе Abbott SARS-CoV-2 (камбінаваны ген RdRp і N) склаў 87,6%, а значэнне Ct гена ORF1a/b у аналізе Sansure Biotech 2019-nCoV паказала, што працэнт нізкага Значэнне Ct (<20 Ct) было 50,3% і высокае значэнне Ct (36–40 Ct) склала 3,2%. 1 працэнт самага нізкага значэння Ct (< 20 Ct) у аналізе Abbott SARS-CoV-2 (камбінаваны ген RdRp і N) склаў 87,6%, а значэнне Ct гена ORF1a/b у аналізе Sansure Biotech 2019-nCoV паказала, што працэнт нізкага Значэнне Ct (<20 Ct) было 50,3% і высокае значэнне Ct (36–40 Ct) склала 3,2%.Як паказана на мал.1, працэнт найменьшага значэння Ct (< 20 Ct) аналіз Abbott SARS-CoV-2 (камбінаваны ген RdRp і N) склаў 87,6%, а значэнне Ct гена ORF1a/b аналіз Sansure Biotech 2019-nCoV паказаў, што працэнт нізкага значэння Ct (< 20 Ct) складаў 50,3%, а высокае значэнне Ct (36–40 Ct) склала 3,2%. 1, працэнт самага нізкага значэння Ct (< 20 Ct) аналізу Abbott SARS-CoV-2 (камбінаваны ген RdRp і N) склаў 87,6%, а значэнне Ct аналізу гена ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV паказала што працэнт нізкага значэння Ct (< 20 Ct) склаў 50,3%, а доля высокага значэння Ct (36–40 Ct) склалі 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87,6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%,高Ct 值(36–40 Ct)的百分比为3,2% Як паказана на малюнку 1, самы нізкі працэнт значэння Ct (< 20 Ct) у тэсце Abbott SARS-CoV-2 (камбінацыя RdRp і гена N) складае 87,6%, значэнне Ct гена ORF1a/b у тэсце Sansure Biotech 2019-nCoV паказвае нізкі Ct值(< 20 Ct) 的 працэнт складае 50,3%, Працэнт 高Ct 值(36–40 Ct) 的 складае 3,2%. Як паказана на малюнку 1, аналіз Abbott SARS-CoV-2 (сумяшчальны гены RdRp і N) меў самае нізкае працэнтнае значэнне Ct (< 20 Ct) памерам 87,6%, а значэнне Ct гена ORF1a/b у даследаванні Sansure Biotech 2019 - Аналіз nCoV паказаў нізкі Ct. Як паказана на малюнку 1, аналіз Abbott SARS-CoV-2 (спалучаючы гены RdRp і N) меў самае нізкае працэнтнае значэнне Ct (< 20 Ct) на ўзроўні 87,6%, у той час як значэнне Ct гена ORF1a/b у Sansure Даследаванне Biotech 2019 - Аналіз nCoV паказаў нізкі Ct. Працэнт значэнняў (< 20 Ct) склаў 50,3%, а працэнт высокіх значэнняў Ct (36–40 Ct) склаў 3,2%. Працэнт значэнняў (< 20 Ct) склаў 50,3%, а працэнт высокіх значэнняў Ct (36-40 Ct) склаў 3,2%.Тэст Abbott SARS-CoV-2 B зафіксаваў значэнні Ct вышэй за 30. З іншага боку, пры аналізе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b меў высокае значэнне Ct (> 36 Ct), працэнт склаў 4 % (мал. 1). З іншага боку, пры аналізе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b меў высокае значэнне Ct (> 36 Ct), працэнт склаў 4 % (мал. 1). З іншага боку, у аналізе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b меў высокае значэнне Ct (> 36 Ct), працэнт якога складаў 4% (рыс. 1). З іншага боку, пры аналізе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b меў высокае значэнне Ct (> 36 Ct), доля якога склала 4% (мал. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%(图1）。 З іншага боку, пры выяўленні BGI SARS-CoV-2 доля гена ORF1a/b з высокім значэннем Ct (>36 Ct) складае 4 % (малюнак 1). З іншага боку ў аналізе BGI SARS-CoV-2 працэнт генаў ORF1a/b з высокімі значэннямі Ct (>36 Ct) склаў 4% (рыс. 1). З іншага боку, у аналізе BGI SARS-CoV-2 працэнт генаў ORF1a/b з высокімі значэннямі Ct (>36 Ct) склаў 4% (мал. 1).
У гэтым даследаванні мы ўзялі 164 пробы з насаглоткі. Для ўсіх тыпаў аналізаў вылучэнне і ампліфікацыя РНК праводзіліся з выкарыстаннем метадаў і набораў, рэкамендаваных адпаведнымі вытворцамі.
Гэта даследаванне паказала, што тэст Эбата на ВРВІ-CoV-2 мае такую ​​ж эфектыўнасць выяўлення, як і CRS, са 100% станоўчай, адмоўнай і агульнай адпаведнасцю. Каппа-пагадненне Коэна роўна 1,00, што сведчыць аб поўнай згодзе з CRS. Аналагічнае даследаванне, праведзенае Універсітэтам Вашынгтона ў ЗША, паказала, што агульная адчувальнасць і спецыфічнасць тэсту Эбата на SARS-CoV-2 склала 93% і 100% адпаведна ў параўнанні з лабараторным аналізам (LDA) CDC . 11. Сістэма выяўлення SARS-CoV-2 Abbott заснавана на адначасовым камбінаваным выяўленні генаў N і RdRp, паколькі абодва гены больш адчувальныя, што зводзіць да мінімуму ілжывыя адмоўныя вынікі12. Даследаванне, праведзенае ў Вене, Аўстрыя, таксама паказала, што вялікія аб'ёмы экстракцыйных узораў і аб'ёмы элюента для выяўлення мінімізуюць эфекты развядзення і павышаюць эфектыўнасць выяўлення13. Такім чынам, ідэальнае супадзенне Abbott для аналізу SARS-CoV-2 можа быць звязана з сістэмай выяўлення платформы, якая адначасова выяўляе камбінаторныя гены, здабывае вялікую колькасць узораў (0,5 мл) і выкарыстоўвае вялікую колькасць элюента (40 мкл).
Нашы вынікі таксама паказалі, што эфектыўнасць выяўлення генетычнага тэсту Daan амаль такая ж, як і CRS. Гэта супадае з даследаваннем14, праведзеным ва Універсітэце Аньхой у Хуайнань, Кітай, і заявай вытворцы аб 100% станоўчым згодзе. Нягледзячы на ​​паведамленні аб паслядоўных выніках, адзін узор быў ілжываадмоўным пасля паўторнага тэставання таго ж элюата, але быў станоўчым у аналізах Abbott SARS-CoV-2 і Sansure Biotech nCoV-2019. Гэта сведчыць аб тым, што вынікі розных тыпаў аналізаў могуць адрознівацца. Тым не менш, у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынік аналізу гена Daan істотна адрозніваўся (p <0,05) у параўнанні з іх эталонным аналізам, вызначаным у лабараторыі. Тым не менш, у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынік аналізу гена Daan істотна адрозніваўся (p <0,05) у параўнанні з іх эталонным аналізам, вызначаным у лабараторыі. Тэма не менш, у даследаванні, праведзеным у Кітае15, вынік аналізу Daan Gene значна адрозніваўся (p <0,05) ад іх лабараторнага эталонного аналізу. Аднак у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынікі аналізу Daan Gene істотна адрозніваліся (p <0,05) ад іх лабараторнага эталоннага аналізу.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异＂(p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Аднак у даследаванні, праведзеным у Кітае15, вынікі генетычнага тэсту Daan значна адрозніваліся (p <0,05) у параўнанні з яго эталонным лабараторным тэстам. Аднак у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынікі генетычнага тэсту Daan значна адрозніваліся (р <0,05) у параўнанні з тэстам эталоннай лабараторыі.Гэта разыходжанне можа быць звязана з адчувальнасцю эталоннага тэсту для выяўлення SARS-CoV-2, і дадатковыя даследаванні могуць быць важнымі для вызначэння прычыны.
Акрамя таго, наша даследаванне ацаніла параўнальную прадукцыйнасць аналізу SARS-CoV-2 BGI з CRS, паказаўшы выдатную станоўчую працэнтную згоду (PPA = 97,9%), адмоўную працэнтную згоду (NPA = 100%) і агульную працэнтную згоду па полу ( OPA). ). = 98,8%). Значэнні Каппа Коэна паказалі добрае супадзенне (K = 0,975). Даследаванні ў Нідэрландах16 і Кітаі15 паказалі паслядоўныя вынікі. Тэст SARS-CoV-2 BGI - гэта тэст на выяўленне аднаго гена (ORF1a/b) з выкарыстаннем 10 мкл элюата для ампліфікацыі/выяўлення. Нягледзячы на ​​добрае статыстычнае ўзгадненне з нашымі эталоннымі вынікамі, аналіз прапусціў два станоўчыя ўзоры (1,22%) ад агульнай выбаркі. Гэта можа мець велізарныя клінічныя наступствы для дынамікі перадачы як на ўзроўні пацыента, так і на ўзроўні грамадства.
Іншым параўнальным аналізам, уключаным у гэта даследаванне, быў аналіз Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); агульны працэнт супадзення склаў 96,3%. Сіла згоды таксама вызначалася значэннем Каппа Коэна, якое складала 0,925, што сведчыць аб поўнай згодзе з CRS. Зноў жа, нашы вынікі ідэнтычныя даследаванням, праведзеным у Цэнтральным паўднёвым універсітэце ў Чанша, Кітай, і ў клінічным лабараторным аддзяленні Народнай бальніцы Лючжоу горада Лючжоу, Кітай17. Нягледзячы на ​​тое, што была зафіксавана вышэйзгаданая добрая статыстычная адпаведнасць, тэст хі-квадрат (тэст МакНемара) паказаў, што вынік аналізу Sansure Biotech меў статыстычна значную розніцу ў параўнанні з CRS (р <0,005). Нягледзячы на ​​тое, што была зафіксавана вышэйзгаданая добрая статыстычная адпаведнасць, тэст хі-квадрат (тэст МакНемара) паказаў, што вынік аналізу Sansure Biotech меў статыстычна значную розніцу ў параўнанні з CRS (р <0,005). Нягледзячы на ​​​​тое, што было зафіксавана ўказанае вышэй добрае статыстычнае адпаведнасць, крытэрый хі-квадрат (крытэрый Макнемара) паказаў, што вынік аналізу Sansure Biotech мае статыстычна значнае адрозненне ў параўнанні з CRS (p <0,005). Хоць было зафіксавана добрае статыстычнае супадзенне вышэй, тэст хі-квадрат (тэст Мак-Немара) паказаў, што вынік аналізу Sansure Biotech меў статыстычна значную розніцу ў параўнанні з CRS (р <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 检测的结果与CRS相比具有统计学显着差异＂ (р <0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。))）) Нягледзячы на ​​​​тое, што адзначанае вышэй добрае статыстычнае адпаведнасць, крытэрый хі-квадрат (крытэрый Макнемара) паказаў статыстычна значную разніцу (p <0,005) паміж аналізам Sansure Biotech і CRS. Нягледзячы на ​​добрую статыстычную адпаведнасць, адзначаную вышэй, тэст хі-квадрат (тэст Мак-Немара) паказаў статыстычна значную розніцу (p <0,005) паміж аналізам Sansure Biotech і CRS.Шэсць узораў (3,66%) апынуліся ілжываадмоўнымі ў параўнанні з CRS (дадатковая табліца 1); гэта вельмі важна, асабліва з улікам дынамікі перадачы віруса. Прыведзеныя вышэй дадзеныя таксама пацвярджаюць гэты нізкі ўзровень выяўлення15.
У гэтым даследаванні значэнні Ct былі вызначаны для кожнага аналізу і адпаведнай платформы, прычым самае нізкае сярэдняе значэнне Ct было зарэгістравана ў аналізе Abbott SARS-CoV-2. Гэты вынік можа быць звязаны з сістэмай адначасовага камбінаванага генетычнага тэсціравання кампаніі Abbott для выяўлення SARS-CoV-2. Такім чынам, згодна з малюнкам 1, 87,6% вынікаў Abbott SARS-CoV-2 мелі значэнні Ct ніжэй за 20. Толькі невялікая колькасць вынікаў узораў (12,4%) знаходзілася ў дыяпазоне 20-30. Значэння Ct вышэй за 30 не фіксаваліся. У дадатак да выкарыстання Abbott панэльнага фармату генетычнага тэсціравання SARS-CoV-2, гэты вынік можа быць звязаны з ніжняй мяжой выяўлення (32,5 копій РНК/мл)18, што ў тры разы ніжэй ніжняй мяжы кампаніі ў 100 копій РНК /мл. мл)19.
Гэта даследаванне мае некаторыя абмежаванні: па-першае, у нас няма стандартных/эталонных метадаў [напрыклад, вірусная нагрузка або іншыя лабараторныя аналізы (LDA)] з-за недахопу рэсурсаў. Па-другое, усе ўзоры, якія выкарыстоўваліся ў гэтым даследаванні, былі мазкамі з насаглоткі, у той час як вынікі не прымяняліся да іншых тыпаў узораў, і, па-трэцяе, памер нашай выбаркі быў невялікі.
Гэта даследаванне параўноўвала эфектыўнасць чатырох аналізаў rRT-PCR на SARS-CoV-2 з выкарыстаннем узораў з насаглоткі. Усе аналізы выяўлення мелі амаль супастаўныя характарыстыкі, за выключэннем аналізу Sansure Biotech. Акрамя таго, у аналізе Sansure Biotech быў выяўлены нізкі паказчык пазітыўнасці ў параўнанні з CRS (р <0,05). Акрамя таго, у аналізе Sansure Biotech быў выяўлены нізкі паказчык пазітыўнасці ў параўнанні з CRS (р <0,05). Акрамя таго, у тэсце Sansure Biotech быў выяўлены нізкі працэнт станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (p <0,05). Акрамя таго, тэст Sansure Biotech паказаў нізкі працэнт станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (р <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05). Акрамя таго, аналіз Sansure Biotech меў больш нізкі ўзровень станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (p <0,05). Акрамя таго, аналіз Sansure Biotech меў больш нізкі паказчык пазітыўнасці ў параўнанні з CRS (р <0,05).Аналіз Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA і агульнай згоды перавысіў 93,5% са значэннем трываласці згоды Коэна Капы 0,925. Нарэшце, Sansure Biotech Assay (RUO) мае патрэбу ў далейшай праверцы для выкарыстання ў Эфіопіі, і варта разгледзець пытанне аб правядзенні дадатковых даследаванняў для ацэнкі заяў асобных вытворцаў.
Дызайн параўнальнага даследавання быў праведзены ў чатырох медыцынскіх установах у Адыс-Абебе, бальніцы Эка Котэбэ, лячэбным цэнтры царквы тысячагоддзя, мемарыяльнай бальніцы Зэвудзіту і спецыялізаванай бальніцы па туберкулёзе Святога Пятра. Дадзеныя збіраліся ў перыяд з 1 па 31 снежня 2020 г. Медыцынскія ўстановы для гэтага даследавання выбіраліся мэтанакіравана з улікам вялікай колькасці выпадкаў захворвання і наяўнасці ў горадзе буйных лячэбных цэнтраў. Аналагічным чынам, прыборы, у тым ліку ABI 7500 і Abbott m2000 для ПЦР у рэальным часе, былі выбраны ў адпаведнасці з рэкамендацыямі вытворцаў рэагентаў NAAT, і чатыры наборы для выяўлення ПЦР былі выбраны для гэтага даследавання, паколькі большасць лабараторый у Эфіопіі выкарыстоўвалі як мінімум чатыры з іх. Генны тэст, тэст Abbott SARS-CoV-2, тэст Sansure Biotech і тэст SARS-CoV-2 BGI, праведзены падчас даследавання).
Тэставанне на SARS-CoV-2 праводзілася з 1 па 30 снежня 2020 г. з выкарыстаннем 3 мл асяроддзя для пераносу вірусаў (VTM) (Miraclean Technology, Шэньчжэнь, Кітай) у асоб, якія знаходзіліся пад даследаваннем на COVID-19 і накіраваны ў EPHI. Узоры з насаглоткі былі сабраныя падрыхтаванымі зборшчыкамі проб і адпраўлены ў EPHI ў трох пакетах. Перад вылучэннем нуклеінавых кіслот кожнай пробе прысвойваецца унікальны ідэнтыфікацыйны нумар. Экстракцыя праводзіцца з кожнай пробы адразу пасля прыбыцця з дапамогай ручнога і аўтаматычнага метадаў экстракцыі. Такім чынам, для аўтаматычнай экстракцыі Abbott m2000, 1,3 мл (у тым ліку 0,8 мл мёртвага аб'ёму і 0,5 мл аб'ёму на ўваходзе экстракцыі) было вынята з кожнай пробы і прапушчана праз сістэму падрыхтоўкі пробаў ДНК Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, Ілінойс, ЗША). ) Партыя з 96 [92 узораў, два кантролю выяўлення і два кантролю без шаблону (NTC)] была ўключана ў агульны працэс (атрыманне і выяўленне) двух раундаў SARS-CoV-2 (EUA) у рэжыме рэальнага часу. здабыча карысных выкапняў. Сапраўды гэтак жа для ручнога здабывання выкарыстоўвайце тыя ж узоры (для аўтаматычнага здабывання і выяўлення). Такім чынам, на працягу ўсяго працэсу 140 мкл узораў былі адабраны і экстрагаваны з дапамогай QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Хільдэн, Германія) партыямі па 24 (уключаючы 20 узораў, два кантролю аналізу і два NTC) на працягу дзевяці раундаў. Экстрагаваныя ўручную элюаты былі ампліфікаваны і выяўлены з дапамогай тэрмацыклера ABI 7500 з выкарыстаннем аналізу SARS-CoV-2 BGI, аналізу гена Daan і аналізу Sansure Biotech.
Аўтаматызаванае вылучэнне і ачыстка РНК віруса SARS-CoV-2 выконваецца па прынцыпе магнітных шарыкаў з выкарыстаннем рэагентаў для падрыхтоўкі ўзораў ДНК Abbott. Інактывацыю узораў і солюбилизацию вірусных часціц праводзяць з дапамогай дэтэргенту, які змяшчае гуанидинизотиоцианат, для дэнатурацыі бялку і інактывацыі РНКазы. Затым РНК аддзяляецца ад бялку шляхам аддзялення цвёрдай фазы з выкарыстаннем дыяксіду крэмнія, г.зн. соль гуанідынія і шчолачны pH буфера для лізісу спрыяюць звязванню нуклеінавых кіслот з дыяксідам крэмнія (SiO2). Этап прамывання выдаляе рэшткі бялкоў і смецця для атрымання празрыстага раствора. Празрыстую РНК вылучаюць з мікрачасціц на аснове дыяксіду крэмнія з дапамогай магнітнага поля прыбора20,21. З іншага боку, ручное вылучэнне і ачыстка РНК праводзіцца метадам спінавай калонкі з выкарыстаннем цэнтрыфугавання замест магнітнай падстаўкі і аддзялення мікрачасціц ад элюента.
Тэст Abbott на выяўленне SARS-CoV-2 у рэжыме рэальнага часу (Abbott Molecular, Inc.) быў праведзены ў адпаведнасці з інструкцыямі вытворцы, які атрымаў EUA19,22 ад СААЗ і FDA. У гэтым пратаколе інактывацыі ўзору перад экстракцыяй праводзілі на вадзяной лазні пры 56 °C на працягу 30 мін. Пасля інактывацыі віруса экстракцыю нуклеінавых кіслот праводзілі на прыборы Abbott m2000 SP з 0,5 мл VTM з дапамогай сістэмы падрыхтоўкі пробаў ДНК Abbott m2000. па дадзеных вытворцы. Ампліфікацыю і дэтэкцыю праводзілі з дапамогай прыбора Abbott m2000 RT-PCR, і падвойную дэтэкцыю праводзілі для генаў RdRp і N. ROX) і VIC P (запатэнтаваны фарбавальнік) для нацэльвання і выяўлення ўнутраных сродкаў кантролю, якія дазваляюць адначасова выяўляць абодва прадукты ўзмацнення 19.
Метад выяўлення ампліфікацыі гэтага набору заснаваны на аднаэтапнай тэхналогіі RT-PCR. Гены ORF1a/b і N былі выбраны ў якасці кансерватыўных абласцей з дапамогай геннай тэхналогіі Daan для выяўлення ампліфікацыі мэтавай вобласці. Канкрэтныя праймеры і флуоресцентные зонды (зонды гена N, пазначаныя FAM, зонды ORF1a/b, пазначаныя VIC) былі распрацаваны для выяўлення РНК SARS-CoV-2 ва ўзорах. Канчатковы элюент і майстар-сумесі былі падрыхтаваны шляхам дадання 5 мкл элюента да 20 мкл майстар-сумесі да канчатковага аб'ёму 25 мкл. Ампліфікацыя і выяўленне праводзіліся адначасова на прыборы ПЦР у рэальным часе ABI 750024.
Гены ORF1a/b і N былі выяўлены з дапамогай набору для дыягностыкі нуклеінавых кіслот Sansure Biotech nCoV-2019 (флуарэсцэнтная ПЦР-дэтэкцыя). Падрыхтуйце спецыяльныя зонды для кожнага гена-мішэні, выбраўшы канал FAM для вобласці ORF1a/b і канал ROX для гена N. У гэты набор для аналізу элюент і рэагенты для майстар-сумесі дадаюцца наступным чынам: падрыхтуйце 30 мкл рэагента для майстар-сумесі і 20 мкл элюіраванага ўзору для выяўлення/ампліфікацыі. ПЦР у рэальным часе ABI 750025 выкарыстоўваўся для ампліфікацыі/выяўлення.
Тэст SARS-CoV-2 BGI - гэта флуарэсцэнтны набор rRT-PCR у рэальным часе для дыягностыкі COVID-19. Мэтавая вобласць знаходзіцца ў вобласці ORF1a/b геному SARS-CoV-2, які з'яўляецца метадам выяўлення аднаго гена. Акрамя таго, ген хатняй гаспадаркі чалавека β-акцін з'яўляецца ўнутрана рэгулюемым генам-мішэнню. Майстар-мікс рыхтуецца шляхам змешвання 20 мкл рэагента майстар-міксу і 10 мкл экстрагаванага ўзору РНК у лункавым пласціне26. Для ампліфікацыі і выяўлення выкарыстоўваўся флуарэсцэнтны колькасны прыбор ПЦР у рэальным часе ABI 7500. Уся ампліфікацыя нуклеінавых кіслот, умовы правядзення ПЦР для кожнага аналізу і інтэрпрэтацыя вынікаў праводзіліся ў адпаведнасці з інструкцыямі адпаведнага вытворцы (табліца 3).
У гэтым параўнальным аналізе мы не выкарыстоўвалі эталонны стандартны метад для вызначэння працэнта згоды (станоўчага, адмоўнага і агульнага) і іншых параметраў параўнання для чатырох аналізаў. Кожнае параўнанне тэстаў праводзілася з дапамогай CRS, у гэтым даследаванні CRS быў усталяваны па правілу «любы станоўчы вынік», і вынік вызначаўся, а не адным тэстам, мы выкарыстоўвалі як мінімум два супадаюць вынікі тэсту. Акрамя таго, у выпадку перадачы COVID-19 ілжываадмоўныя вынікі больш небяспечныя, чым ілжывададатныя. Такім чынам, каб як мага дакладней сказаць «станоўчы» вынік CRS, па меншай меры два тэсты павінны быць станоўчымі, што азначае, што прынамсі адзін станоўчы вынік, верагодна, атрымае аналіз EUA. Такім чынам, з чатырох вынікаў тэстаў два ці больш вынікаў тэсту, якія даюць аднолькавы вынік, лічацца сапраўды станоўчымі або адмоўнымі18,27.
Дадзеныя былі сабраныя з выкарыстаннем структураваных формаў для здабывання дадзеных, увод і аналіз дадзеных праводзіліся з выкарыстаннем статыстычнага праграмнага забеспячэння Excel і SPSS версіі 23.0 для апісальнай статыстыкі. Былі прааналізаваны станоўчыя, адмоўныя і агульны працэнт згоды, а для вызначэння ступені згоды кожнага метаду з CRS выкарыстоўваўся бал Каппа. Значэнні Каппа інтэрпрэтуюцца наступным чынам: ад 0,01 да 0,20 для лёгкай згоды, ад 0,21 да 0,40 для агульнай згоды, 0,41-0,60 для ўмеранай згоды, 0,61-0,80 для значнай згоды і 0,81-0,99 для поўнай згоды28.
Этычны дазвол быў атрыманы ад Універсітэта Адыс-Абебы, і ўсе эксперыментальныя пратаколы для гэтага даследавання былі зацверджаны Саветам па аглядзе навуковай этыкі Інстытута грамадскага аховы здароўя Эфіопіі. Інфармацыйны нумар для ліцэнзіі па этыцы EPHI - EPHI/IRB-279-2020. Усе метады прымяняліся ў адпаведнасці з рэкамендацыямі і палажэннямі Нацыянальных комплексных рэкамендацый Эфіопіі па лячэнні COVID-19. Акрамя таго, пісьмовая інфармаваная згода была атрымана ад усіх удзельнікаў даследавання перад удзелам у даследаванні.
Усе дадзеныя, атрыманыя або прааналізаваныя ў гэтым даследаванні, уключаны ў гэты апублікаваны артыкул. Дадзеныя, якія пацвярджаюць вынікі гэтага даследавання, можна атрымаць у адпаведнага аўтара па абгрунтаваным запыце.
Сусветная арганізацыя па ахове здароўя. Рэкамендацыі па стратэгіі лабараторнага тэсціравання на COVID-19: Прамежкавае кіраўніцтва, 21 сакавіка 2020 г. № WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (СААЗ, 2020 г.).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Разумная дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: усё ў практыцы. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Разумная дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: усё ў практыцы.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. і Gurgulianis, KI Інтэлектуальная дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: усё на практыцы.Муліу Д.С., Пантазапулас І. і Гургуляніс К.І. Інтэлектуальная дыягностыка COVID-19 у аддзяленнях неадкладнай дапамогі: скразная інтэграцыя на практыцы. Эксперт вялебны Respire. лекі. 3, 263–272 (2022).
Мітчэл, С. Л. і Сэнт-Джордж, К. Ацэнка аналізу COVID19 ID NOW EUA. Мітчэл, С. Л. і Сэнт-Джордж, К. Ацэнка аналізу COVID19 ID NOW EUA.Мітчэл, С. Л. і Сэнт-Джордж, К. Ацэнка аналізу COVID19 ID NOW EUA.Мітчэл С.Л. і Сэнт-Джордж К. Ацэнка аналізу COVID19 ID NOW EUA. Ж. Клінічны. Вірус. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
СУСВЕТНАЯ АРГАНІЗАЦЫЯ ПА АХОВЕ ЗДАРОЎЯ. Лабараторнае выяўленне каранавіруснай хваробы 2019 (COVID-19) пры падазрэнні на захворванне чалавека. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (прагледжана 15 жніўня 2020 г.) (СААЗ, 2020 г.).
Удугама, Б. і інш. Дыягностыка COVID-19: захворванні і інструменты абследавання. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Саед С. і інш. Стварэнне Каледжа патолагаанатамаў Усходняй, Цэнтральнай і Паўднёвай Афрыкі - Рэгіянальнай школы паталогіі Блізкага Усходу і Паўднёвай Афрыкі. Афрыка. J. Lab. лекі. 9(1), 1-8 (2020).
Эфіопскі інстытут грамадскага аховы здароўя Федэральнага міністэрства аховы здароўя. Часовая нацыянальная стратэгія і рэкамендацыі па лабараторнай дыягностыцы COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (прагледжана 12 жніўня 2020 г.) (EPHI, 2020 г.).
Валошын С., Патэль Н. і Кесельхайм А. С. Ілжывыя адмоўныя тэсты на ВРВІ-CoV-2. Праблемы і наступствы. Валошын С., Патэль Н. і Кесельхайм А. С. Ілжывыя адмоўныя тэсты на ВРВІ-CoV-2. Праблемы і наступствы.Валошын С., Патэль Н. і Кесельхейм А. С. Ложноотріцательные тэсты на інфекцыі SARS-CoV-2 і іх наступствы.Валошын С., Патэль Н. і Кесельхейм А. С. Ложноотріцательные тэсты на правакацыю і ўздзеянне інфекцыі SARS-CoV-2. Н. англ. Ж. Медыцына. 383 (6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Прытворнададатныя і прытворнаадмоўныя выпадкі COVID-19: стратэгіі рэспіраторнай прафілактыкі і лячэння, вакцынацыя і далейшыя перспектывы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Прытворнададатныя і прытворнаадмоўныя выпадкі COVID-19: стратэгіі рэспіраторнай прафілактыкі і лячэння, вакцынацыя і далейшыя перспектывы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: рэспіраторная прафілактыка і стратэгія лячэння, вакцынацыя і далейшыя перспектывы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. Ілжывададатныя і ілжываадмоўныя выпадкі COVID-19: рэспіраторныя прафілактыка і стратэгіі лячэння, вакцынацыя і шлях наперад.Муліу, Д. С. і Гургуляніс, К. І. Прытворнададатныя і прытворнаадмоўныя выпадкі COVID-19: стратэгіі рэспіраторнай прафілактыкі і лячэння, вакцынацыя і шлях наперад. Эксперт вялебны Respire. лекі. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: бачу дрэва, але губляю лес. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Дыягностыка COVID-19 у аддзяленні неадкладнай дапамогі: бачу дрэва, але губляю лес.Mouliou, DS, Ioannis, P. and Konstantinos, G. COVID-19 Diagnosis in the Emergency Department: See the Tree, Lose the Forest.Муліу Д.С., Іааніс П. і Канстанцінас Г. Дыягностыка COVID-19 у аддзяленнях хуткай дапамогі: не хапае лесу для дрэў. З'яўляюцца. лекі. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дэльі-Анджэлі, Э. і інш. Праверка і праверка аналітычных і клінічных характарыстык аналізу Abbott RealTime SARS-CoV-2. Ж. Клінічны. Вірус. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных рэгіёнаў геному COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных абласцей геному COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. і Aflatunyan, B. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных рэгіёнаў геному COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Параўнанне 5 розных генетычных рэгіёнаў COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. і Aflatunyan B. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных рэгіёнаў геному COVID-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR.Іран. Ж. Мікрабіялогія. 12 (3), 185 (2020).
Гёрцэр І. і інш. Папярэднія вынікі рэспубліканскай праграмы знешняй ацэнкі якасці па выяўленні паслядоўнасцей геному SARS-CoV-2. Ж. Клінічны. Вірус. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ван, М. і інш. Аналітычная ацэнка эфектыўнасці пяці набораў RT-PCR для цяжкага вострага рэспіраторнага сіндрому, каранавіруса 2. J. Clinical. лабараторыя. задні праход. 35 (1), e23643 (2021).
Wang B. і інш. Ацэнка сямі камерцыйна даступных набораў для выяўлення РНК SARS-CoV-2 у Кітаі на аснове палімеразнай ланцуговай рэакцыі (ПЦР) у рэальным часе. клінічны. Хімічны. лабараторыя. лекі. 58 (9), e149–e153 (2020).
ван Кастэрэн, П. Б. і інш. Параўнанне сямі камерцыйных набораў для дыягностыкі COVID-19 RT-PCR. Ж. Клінічны. Вірус. 128, 104412 (2020).
Лу, Ю і інш. Параўнанне дыягнастычных характарыстык двух ПЦР-набораў для выяўлення нуклеінавых кіслот SARS-CoV-2. Ж. Клінічны. лабараторыя. задні праход. 34 (10), e23554 (2020).
Лефарт, PR і г.д. Параўнальнае даследаванне чатырох платформаў для тэставання ампліфікацыі нуклеінавых кіслот SARS-CoV-2 (NAAT) паказала, што прадукцыйнасць ID NOW значна пагаршалася ў залежнасці ад пацыента і тыпу ўзору. дыягностыка. мікрабіялогіі. Заразіць. дыз. 99 (1), 115200 (2021).
Малекула Эбата. Укладыш у пакет аналізу SARS-CoV-2 Abbott у рэжыме рэальнага часу. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Па стане на 10 жніўня 2020 г.) (2020 г.).
Klein, S. і інш. Вылучэнне РНК SARS-CoV-2 з выкарыстаннем магнітных шарыкаў для хуткага буйнамаштабнага выяўлення з дапамогай RT-qPCR і RT-LAMP. Вірус 12 (8), 863 (2020).