Прадукцыйнасць чатырох аналізаў узмацнення нуклеінавай кіслаты для выяўлення SARS-COV-2 у Эфіопіі

Дзякуй за наведванне Nature.com. Вы выкарыстоўваеце версію браўзэра з абмежаванай падтрымкай CSS. Для лепшага вопыту мы рэкамендуем выкарыстоўваць абноўлены браўзэр (альбо адключыць рэжым сумяшчальнасці ў Internet Explorer). Акрамя таго, каб забяспечыць пастаянную падтрымку, мы паказваем сайт без стыляў і JavaScript.
Паказвае карусель з трох слайдаў адначасова. Выкарыстоўвайце папярэднія і наступныя кнопкі, каб перамяшчацца па трох слайдах за адзін раз, альбо выкарыстоўвайце кнопкі паўзунка ў канцы, каб перамяшчацца па трох слайдах адначасова.
З моманту ўспышкі каранавіруснай хваробы 2019 года (COVID-19), па ўсім свеце былі распрацаваны шматлікія тэсты на ўзмацненне камерцыйнай ядра (NAAT) і сталі стандартнымі аналізамі. Хоць некалькі тэстаў былі хутка распрацаваны і ўжыты да лабараторных дыягнастычных выпрабаванняў, прадукцыйнасць гэтых тэстаў не ацэньвалася ў розных умовах. Такім чынам, гэта даследаванне было накіравана на ацэнку эфектыўнасці аналізаў Abbott SARS-COV-2, Daan Gene, BGI і Sansure Biotech з выкарыстаннем кампазітнага эталоннага стандарту (CRS). Даследаванне было праведзена ў Эфіёпскім інстытуце грамадскага аховы здароўя (EPHI) з 1 па 30 снежня 2020 года. З 164 асобнікаў 59,1% былі станоўчымі, а 40,9% былі адмоўнымі для CRS. Пазітыўнасць Biotech Sansure была значна нізкай у параўнанні з CRS (P <0,05). Пазітыўнасць Biotech Sansure была значна нізкай у параўнанні з CRS (P <0,05). Poloжititelnые rезultatы sansure biotech bыlie зnoчitelnolno nieже provnnenie s crs (р <0,05). Станоўчыя вынікі Sansure Biotech былі значна ніжэйшыя ў параўнанні з CRS (P <0,05).与 Crs 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0,05）。与 Crs 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0,05）。 У SANSURE BIOTECH BыlO зNAчITELNO MENIOше pOLOжITELONых RезULTOTOV PORAVNENICH CRS (P <0,05). Biotech Sansure меў значна менш станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (P <0,05).Агульнае пагадненне чатырох аналізаў склала 96,3–100% у параўнанні з CRS. У дадатак да нізкай хуткасці пазітыўнасці біятэхналагічнага аналізу Sansure, прадукцыйнасць чатырох аналізаў была амаль супастаўнай. Такім чынам, аналіз SANSURE BIOTECH [толькі даследаванне (RUO)] патрабуе дадатковай праверкі для яго выкарыстання ў Эфіопіі. Нарэшце, неабходна ўлічваць дадатковыя даследаванні для ацэнкі аналізаў з адпаведнымі патрабаваннямі вытворцы.
Лабараторнае выпрабаванне з'яўляецца часткай Стратэгічнага плана Сусветнай арганізацыі аховы здароўя (СААЗ (COVID-19), падрыхтаванасць і рэакцыя (SPRP). Хто раіць, што краінам неабходна стварыць лабараторныя магчымасці для паляпшэння гатоўнасці, належнага кіравання справамі, пільнасці і хуткай рэакцыі на праблемы грамадскага аховы здароўя. Гэта дазваляе выказаць здагадку, што роля лабараторыі мае ключавое значэнне для характарыстыкі захворвання і эпідэміялогіі новых інфекцыйных агентаў і кантролю іх распаўсюджвання.
Дыягназ Covid-19 патрабуе эпідэміялагічнай і медыцынскай інфармацыі, асабістых сімптомаў/знакаў, рэнтгеналагічных і лабараторных дадзеных2. З таго часу, як паведамлялася пра ўспышку COVID-19, у Вахане, Кітай, па ўсім свеце было распрацавана шматлікія тэсты на ампліфікацыю камерцыйных нуклеінавай кіслаты (NAAT). У рэальным часе зваротная транскрыпцыя Палімераза ланцуговая рэакцыя (RRT-PCR) была выкарыстана ў якасці руціны і стандартнага метаду лабараторнай дыягностыкі цяжкага вострага дыхальнага сіндрому 2 (SARS-COV-2) 3. Малекулярнае выяўленне SARS-COV-2 звычайна грунтуецца на N (гене Nucleocapsid бялку), E (ген бялку канверта) і RDRP (RNA-залежны ген полимеразы РНК) у ORF1A/B (адкрыты рамка для чытання 1A/B). ген) рэгіён, ідэнтыфікаваны з віруснага генома. Яны лічацца асноўнымі захаванымі рэгіёнамі, знойдзенымі ў вірусных геномах для распазнання вірусаў4. Сярод гэтых генаў гены RDRP і E маюць высокую аналітычную адчувальнасць выяўлення, у той час як ген N мае нізкую аналітычную адчувальнасць5.
Прадукцыйнасць аналізаў ПЦР можа вар'іравацца ў залежнасці ад розных фактараў, такіх як: экстрактыўныя рэагенты, рэагенты ўзмацнення/выяўлення, метад экстракцыі, якасць ПЦР -машыны і іншыя інструменты. Па стане на красавік 2020 года больш за 48 розных дыягнастычных прылад з дзевяці краін атрымалі дазвол на экстранае выкарыстанне (ЕС) для дыягностыкі COVID-196. У Эфіопіі больш за 14 платформаў ПЦР у рэжыме рэальнага часу выкарыстоўваюцца для выяўлення ПЦР SARS-COV-2 у 26 установах аховы здароўя, уключаючы ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 і Quant-Studio7. Акрамя таго, даступныя розныя тэставыя наборы ПЦР, такія як тэст Daan Gene, тэст Abbott SARS-COV-2, тэст BIOTECH SANSURE і тэст BGI SARS-COV-2. Хоць RRT-PCR вельмі адчувальны, некаторыя пацыенты з COVID-19 паведамляюць пра ілжывыя адмоўныя вынікі з-за недастатковых копій віруснай рыбануклеінавай кіслаты (РНК) у пробах з-за няправільнага збору, транспарту, захоўвання і кіравання і лабараторных выпрабаванняў. Умовы і дзеянні персаналу8. Акрамя таго, узор або кантроль над няшчасцем, цыклам парогам (КТ) і перакрыжаванай рэактыўнасцю з іншымі патагеннымі нуклеінавымі кіслотамі альбо неактыўнай/рэшткавай РНК SARS-COV-2 могуць прывесці да ілжывых станоўчых вынікаў у аналізах RRT-PCR9. Такім чынам, зразумела, што тэсты ПЦР сапраўды могуць вызначыць носьбітаў фрагментаў генаў, бо яны нават не могуць адрозніць сапраўды актыўныя вірусныя гены, таму тэсты могуць ідэнтыфікаваць толькі носьбітаў, а не пацыентаў10. Таму важна ацаніць дыягнастычныя характарыстыкі з выкарыстаннем стандартных метадаў у нашых умовах. Хоць многія рэагенты NAAT даступныя ў Эфіёпскім інстытуце грамадскага аховы здароўя (EPHI) і па ўсёй краіне, дагэтуль не паведамлялася пра параўнальную ацэнку іх эфектыўнасці. Такім чынам, гэта даследаванне было накіравана на ацэнку параўнальных паказчыкаў наяўных у продажы набораў для выяўлення SARS-COV-2 з дапамогай RRT-PCR з выкарыстаннем клінічных узораў.
У гэтым даследаванні было ўключана 164 удзельнікаў з падазрэннем на COVID-19. Большасць узораў былі з лячэбных цэнтраў (118/164 = 72%), а астатнія 46 (28%) удзельнікаў былі з цэнтраў без лячэння. Сярод удзельнікаў, якія не лячылі ў цэнтры, 15 (9,1%) мелі клінічна падазраваныя выпадкі, а ў 31 (18,9%) былі кантакты пацверджаных выпадкаў. Дзевяноста тры (56,7%) удзельнікаў былі мужчынамі, а сярэдні ўзрост удзельнікаў склаў 31,10 (± 11,82) гадоў.
У гэтым даследаванні былі вызначаны станоўчыя і адмоўныя хуткасці чатырох тэстаў на COVID-19. Такім чынам, станоўчыя паказчыкі аналізу Abbott SARS-COV-2, аналізу Daan Gene 2019-NCOV, аналізу BGI SARS-COV-2 і SANSURE BIOTECH 2019-NCOV склалі 59,1%, 58,5%, 57,9% і 55,5% адпаведна. Станоўчы і адмоўны кампазітны эталонны стандарт (CRS) склаў 97 (59,1%) і 67 (40,9%) адпаведна (табліца 1). У гэтым даследаванні вызначэнне CRS было заснавана на "любым станоўчым" правіле, у выніку якога з чатырох вынікаў тэстаў, два і больш вынікаў тэстаў, якія далі той жа вынік, лічыліся сапраўдным станоўчым ці адмоўным.
У гэтым даследаванні мы выявілі адмоўнае працэнтнае пагадненне (NPA) 100% (95% ДІ 94,6–100) для ўсіх аналізаў у параўнанні з CRS. Аналіз біятэхналогіі Sansure паказаў мінімальны PPA 93,8% (95% ДІ 87,2-97.1), а аналіз Daan Gene 2019-NCOV меў агульную згоду ў 99,4% (95% ДІ 96,6-99,9). У адрозненне ад гэтага, агульная згода паміж аналізам BGI SARS-COV-2 і аналізам SANSURE BIOTECH 2019-NCOV склала 98,8% і 96,3% адпаведна (табліца 2).
Каэфіцыент пагаднення Kappa Copa паміж CRS і Abbott SARS-COV-2 Вынікі аналізу былі цалкам паслядоўнымі (k = 1,00). Сапраўды гэтак жа значэнні Kappa Коэна, выяўленыя Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI і SANSURE BIOTECH 2019-NCOV, таксама цалкам адпавядаюць CRS (k ≥ 0,925). У гэтым параўнальным аналізе тэст на квадрат (тэст McNemar) паказаў, што вынікі аналізу Sansure Biotech 2019-NCOV значна адрозніваліся ад вынікаў CRS (P = 0,031) (табліца 2).
Як паказана на мал.1 Працэнт найменшага кошту КТ (<20 КТ) аналізу Abbott SARS-COV-2 (камбінаваны RDRP і N Gene) склаў 87,6%, а значэнне гена CT ORF1A/B CT SANSURE BIOTECH 2019-NCOV паказаў, што адсотак нізкага значэння КТ (<20 КТ) склаў 50,3%, а высокае значэнне CT (36–40 CT) склаў 3,2%. 1 Працэнт найменшага кошту КТ (<20 КТ) аналізу Abbott SARS-COV-2 (камбінаваны RDRP і N Gene) склаў 87,6%, а значэнне гена CT ORF1A/B CT SANSURE BIOTECH 2019-NCOV паказаў, што адсотак нізкага значэння КТ (<20 КТ) склаў 50,3%, а высокае значэнне CT (36–40 CT) склаў 3,2%.Як паказана на мал.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена Orf1a/b analiyica sansure biotech 2019-ncov pokakolo чto proцент нікогого, што зnчено цьенья (<20 ct) sostawl 50,3%, awыsokoч зsoче зnoчnie cht зnoчnie зnoчnieе ct (36-40 ct (36-40 ct (40 ct (40 ct (40 ct (40 ct (40 ct) Sostawlolo 3,2%. 1, the percentage of the lowest Ct value (< 20 Ct) analysis of Abbott SARS-CoV-2 (combined gene RdRp and N) was 87.6%, and the Ct value of ORF1a/b gene analysis of Sansure Biotech 2019-nCoV showed that the percentage of low Ct value (< 20 Ct) accounted for 50.3%, and high value Ct (36–40 Ct) accounted for 3,2%.如图 1 所示 ， abbott sars-cov-2 检测 （结合 结合 rdrp 和 n 基因） 的最低 ct 值百分比 （<20 ct） 为 87,6%， sansure biotech 2019-ncov 检测的 orf1a/b 基因 ct 值显示低 ct 值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%， 高 高 值 值 值 值 值 40 ct)的百分比为 3,2%。 As shown in Figure 1, the lowest Ct value percentage (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 test (combination of RdRp and N gene) is 87.6%, the ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV test shows low Ct值(< 20 Ct) 的 percentage is 50.3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的 percentage is 3,2%. Kak pokaзано не рискоунке 1, analiy abbott sars-cov-2 (soчеtaющ gеnы rdrp и н) imел скарона нико никкое ерова зе зенилиниениениениениениениенито (<20 ct) raзmе 87,6%, a зnaчеnie ct gено orf1a/b vissledovanihii sansure biotech 2019- analiy ncov pokзал нінкікич. Як паказана на малюнку 1, аналіз Abbott SARS-COV-2 (спалучэнне генаў RDRP і N) меў найменшае значэнне CT (<20 КТ) пры 87,6%, у той час як значэнне CT гена ORF1A/B у даследаванні Sansure Biotech 2019-аналіз NCOV паказаў нізкі КТ. Proцент зnaчено (<20 ct) Составил 50,3%, aproцент vыsokiх зnaчеniy ct (36–40 ct) Сосставив 3,2%. Працэнт значэнняў (<20 КТ) склаў 50,3%, а адсотак высокіх значэнняў КТ (36–40 CT) склаў 3,2%.Тэст Abbott SARS-COV-2 B запісаў значэнні КТ вышэй за 30. З іншага боку, у гене BGI SARS-COV-2 ORF1A/B меў высокае значэнне CT (> 36 CT), быў 4% (мал. 1). З іншага боку, у гене BGI SARS-COV-2 ORF1A/B меў высокае значэнне CT (> 36 CT), быў 4% (мал. 1). Sdrugoй stoloronы, vanaliych bgi sars-cov-2 gеn orf1a/b имел-ысокаее, зnoчене, ct (> 36 ct), proцеnt kоtортрогрогрогнотокелд wylwlylwlylwlylwlylwlylwlyl ў 4% (риис. З іншага боку, пры аналізе гена BGI SARS-COV-2 ORF1A/B меў высокае значэнне КТ (> 36 КТ), працэнт якога склаў 4% (мал. 1).另一方面 ， 在 bgi sars-cov-2 检测中 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值 （> 36 ct） 的百分比为 4%（图 1）。。。。。 З іншага боку, у BGI SARS-COV-2, працэнт гена ORF1A/B з высокім значэннем КТ (> 36 КТ) складае 4% (мал. 1). Sdrogой stoloronы, vanaliych bgi sars-cov-2 proцеnt gенов orf1a/b stыsokimi зnaчеsiy cht (> 36 ct) costavil 4% (рис. 1). З іншага боку, у аналізе BGI SARS-COV-2 працэнт генаў ORF1A/B з высокімі значэннямі КТ (> 36 КТ) склаў 4% (мал. 1).
У гэтым даследаванні мы ўзялі 164 узоры насаглоткі. Для ўсіх тыпаў аналізаў была праведзена ізаляцыя РНК і ўзмацненне з выкарыстаннем метадаў і камплектаў, рэкамендаваных адпаведнымі вытворцамі.
Гэта даследаванне паказала, што тэст Abbott на SARS-COV-2 мае аднолькавыя характарыстыкі выяўлення, што і CRS, са 100% станоўчым, адмоўным і агульным супадзеннем. Пагадненне Каппа Коэна складае 1,00, што сведчыць аб поўнай згодзе з CRS. Аналагічнае даследаванне Універсітэта Вашынгтона ў ЗША паказала, што агульная адчувальнасць і спецыфічнасць тэсту Abbott для SARS-COV-2 склала 93% і 100% адпаведна, у параўнанні з лабараторным аналізам (LDA) CDC. 11. Сістэма выяўлення Abbott SARS-COV-2 заснавана на адначасовым камбінаваным выяўленні генаў N і RDRP, паколькі абодва гена больш адчувальныя, мінімізуючы ілжывыя негатывы12. Даследаванне ў Вене, Аўстрыя таксама паказала, што вялікія аб'ёмы ўзору экстракцыі і выяўленне аб'ёмаў элюіна мінімізавалі эфекты развядзення і павысілі эфектыўнасць выяўлення13. Такім чынам, ідэальны супадзенне Abbott для аналізу SARS-COV-2 можа быць звязаны з сістэмай выяўлення платформы, якая адначасова выяўляе камбінаваныя гены, здабывае вялікую колькасць узораў (0,5 мл) і выкарыстоўвае вялікую колькасць элюента (40 мкл).
Нашы вынікі таксама паказалі, што эфектыўнасць выяўлення генетычнага тэсту Даана была практычна такой жа, як у CRS. Гэта адпавядае даследаванню14, праведзеным ва ўніверсітэце Анхуі ў Хуайнане, Кітай, і прэтэнзіі вытворцы 100% станоўчага пагаднення. Нягледзячы на ​​паведамленні аб паслядоўных выніках, адзін узор быў ілжывым адмоўным пасля праверкі таго ж элюату, але быў станоўчым у аналізах Abbott SARS-COV-2 і SANSURE BIOTECH NCOV-2019. Гэта дазваляе выказаць здагадку, што можа быць зменлівасць вынікаў для розных тыпаў аналізаў. Тым не менш, у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынік аналізу гена Daan быў значна розны (р <0,05) у параўнанні з іх лабараторным арыенцірам. Тым не менш, у даследаванні, праведзеным у Кітаі15, вынік аналізу гена Daan быў значна розны (р <0,05) у параўнанні з іх лабараторным арыенцірам. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их LABORATORNOGO эTALONNOGO ANALIYA. Аднак у даследаванні ў Кітаі15 г. вынікі аналізу Daan Gene значна адрозніваліся (р <0,05) ад іх лабараторнага аналізу.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （P <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Adnakolo vissledonii, proVеdеном k kitaе15, rезulytы gеnetiчеsogogо, теста даан -зnчnoчititе oliysy (p <055) postа daan зnчtеtе othliysy (p <055) srovnenich - еtotalonыmnnnы laboloratornыmtom. Аднак у даследаванні ў Кітаі15 вынікі генетычнага тэсту Даана значна адрозніваліся (р <0,05) у параўнанні з яго эталонным лабараторным выпрабаваннем.Гэта неадпаведнасць можа быць звязана з адчувальнасцю эталоннага тэсту для выяўлення SARS-COV-2, і для вызначэння прычыны могуць быць важныя дадатковыя даследаванні.
Акрамя таго, наша даследаванне ацаніла параўнальныя характарыстыкі аналізу BGI SARS-COV-2 з CRS, паказваючы выдатнае станоўчае працэнтнае пагадненне (PPA = 97,9%), адмоўны працэнтнае пагадненне (NPA = 100%) і агульнае працэнтнае пагадненне па полу (OPA). ). = 98,8%). Значэнні Kappa Коэна паказалі добрую згоду (k = 0,975). Даследаванні ў Нідэрландах16 і Кітая15 паказалі паслядоўныя вынікі. Тэст BGI SARS-COV-2-гэта адзін ген (ORF1A/B) тэст выяўлення з выкарыстаннем 10 мкл узмацнення/выяўлення. Нягледзячы на ​​добрае статыстычнае пагадненне з нашымі эталоннымі вынікамі, аналіз прапусціў два станоўчыя ўзоры (1,22%) ад агульнай выбаркі. Гэта можа мець велізарныя клінічныя наступствы для дынамікі перадачы як на ўзроўні пацыента, так і на грамадстве.
Яшчэ адным параўнальным аналізам, уключаным у гэтае даследаванне, быў аналіз SANSURE BIOTECH NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Агульны працэнт матчу склаў 96,3%. Сіла пагаднення таксама вызначалася коштам Kappa Коэна, якая склала 0,925, што сведчыць аб поўнай згодзе з CRS. Зноў жа, нашы вынікі ідэнтычныя даследаванням, праведзеным у Цэнтральным Паўднёвым універсітэце ў Чанша, Кітай, і ў аддзеле клінічнай лабараторыі Народнай бальніцы Лючжоу, горад Лючжоу, Кітай17. Нягледзячы на ​​тое, што была зафіксавана вышэйзгаданая добрая статыстычная згода, тэст Chi-квадрата (тэст MacNemar) паказаў, што вынік біятэхналагічнага аналізу Sansure меў статыстычна значную розніцу ў параўнанні з CRS (P <0,005). Нягледзячы на ​​тое, што была зафіксавана вышэйзгаданая добрая статыстычная згода, тэст Chi-квадрата (тэст MacNemar) паказаў, што вынік біятэхналагічнага аналізу Sansure меў статыстычна значную розніцу ў параўнанні з CRS (P <0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (Критрарий Maknemaarа) pokaul, чto rезwultаt analiycha sansure biotech imеет ctatistiчеski зnoчіимі раличиченичениченное крыш (п. 0,005). Нягледзячы на ​​тое, што было зафіксавана добрае статыстычнае пагадненне, тэст на квадрат (тэст McNemar) паказаў, што вынік біятэхналагічнага аналізу Sansure меў статыстычна значную розніцу ў параўнанні з CRS (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （MacNemar 检验） ， ， Sansure Biotech 检测的结果与 Crs 相比具有统计学显着差异 （P <0,005）。。尽管 记录 了 上述 良好 统计 ， 但 但 检验. НЕСМАТРЕЯ НАДЗЕМАНЕНЕ ВЕР хорошееееетититичениченное statistiчеski зnaчimuю raзniцu (p <0,005), месяцаў, аналигичем, биотехически. Нягледзячы на ​​добрае статыстычнае пагадненне, адзначанае вышэй, тэст Chi-квадрата (тэст McNemar) паказаў статыстычна значную розніцу (р <0,005) паміж аналізам Biotech Sansure і CRS.Было выяўлена, што шэсць узораў (3,66%) былі ілжывымі негатывамі ў параўнанні з CRS (дадатковая табліца 1); Гэта вельмі важна, асабліва ўлічваючы дынаміку перадачы віруса. Прыведзеныя вышэй дадзеныя таксама падтрымліваюць гэтую нізкую хуткасць выяўлення15.
У гэтым даследаванні былі вызначаны значэнні КТ для кожнага аналізу і адпаведнай платформы, прычым найменшае сярэдняе значэнне КТ паведамлялася ў аналізе Abbott SARS-COV-2. Гэты вынік можа быць звязаны з адначасовай камбінаванай генетычнай сістэмай генетычнага тэсціравання Abbott для выяўлення SARS-COV-2. Такім чынам, па малюнку 1, 87,6% вынікаў Abbott SARS-COV-2 мелі значэнні КТ ніжэй за 20. Толькі невялікая колькасць вынікаў выбаркі (12,4%) знаходзілася ў дыяпазоне 20-30. Значэнні КТ вышэй 30 не былі запісаны. У дадатак да выкарыстання генетычнага тэставання Abbott панэлі SARS-COV-2, гэты вынік можа быць звязаны з меншым лімітам выяўлення (32,5 копій РНК/мл) 18, што ў тры разы ніжэй, чым у ніжняй мяжы кампаніі 100 копій РНК/мл. мл) 19.
Гэта даследаванне мае некаторыя абмежаванні: па -першае, у нас няма стандартных/эталонных метадаў [напрыклад, вірусную нагрузку ці іншыя лабараторныя выпрабаванні (LDA)] з -за адсутнасці рэсурсаў. Па -другое, усе ўзоры, якія выкарыстоўваліся ў гэтым даследаванні, былі насаглоткавымі мазгамі, у той час як вынікі не прымяняюцца да іншых тыпаў узораў, а па -трэцяе, наш памер выбаркі быў невялікі.
Гэта даследаванне параўноўвала прадукцыйнасць чатырох аналізаў RRT-PCR для SARS-COV-2 з выкарыстаннем узораў насаглоткі. Усе аналізы выяўлення мелі амаль супастаўную прадукцыйнасць, за выключэннем аналізу Biotech Sansure. Акрамя таго, нізкая хуткасць пазітыўнасці была выяўлена ў біятэхналагічным аналізе Sansure у параўнанні з CRS (P <0,05). Акрамя таго, нізкая хуткасць пазітыўнасці была выяўлена ў біятэхналагічным аналізе Sansure у параўнанні з CRS (P <0,05). Kromе togо, гэта sansure biotech bыl vыwlennnykih proцент proжiteillynых rезultовевавававававававаўвавававанае п. Акрамя таго, тэст Biotech Sansure паказаў нізкі адсотак станоўчых вынікаў у параўнанні з CRS (P <0,05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Kromе togо, analiy sansure biotech imel bolele nikike ourovenih poloжitelynых reзultо vorawneniю c crs (p <0,05). Акрамя таго, аналіз Biotech Sansure меў больш нізкую хуткасць пазітыўнасці ў параўнанні з CRS (P <0,05).Аналіз SANSURE BIOTECH NCOV-2019 (RUO) PPA, NPA і агульнае пагадненне перавысілі 93,5% пры магутнасці Коэн-Каппа кошту пагаднення 0,925. Нарэшце, аналіз Biotech Sansure (RUO) патрабуе дадатковай праверкі для выкарыстання ў Эфіопіі, і неабходна ўлічваць дадатковыя даследаванні для ацэнкі прэтэнзій асобных вытворцаў.
Параўнальны дызайн даследавання быў праведзены ў чатырох медыцынскіх установах у Адыс -Абебе, бальніцы Эка Котэбе, лячэбным цэнтры Царквы тысячагоддзя, Мемарыяльнай бальніцы Зеудзіту і бальніцы спецыяліста па туберкулёзе Святога Пятра. Дадзеныя былі сабраны ў перыяд з 1 па 31 снежня 2020 года. Медыцынскія ўстановы для гэтага даследавання былі мэтанакіравана выбраны на аснове іх вялікай колькасці выпадкаў і наяўнасці асноўных лячэбных цэнтраў у горадзе. Сапраўды гэтак жа былі выбраны інструменты, у тым ліку ABI 7500 і Abbott M2000 у рэжыме рэальнага часу, былі абраны ў адпаведнасці з рэкамендацыямі вытворцаў NAAT рэагентаў, а для гэтага даследавання былі абраны чатыры камплекты для выяўлення ПЦР, паколькі большасць лабараторый у эфіопіі выкарыстоўваліся як мінімум чатыры з іх. Тэст генаў, тэст Abbott SARS-COV-2, тэст на біятэхналагічны праход SANSURE і SARS-COV-2 BGI праводзяцца падчас даследавання).
Тэставанне на SARS-COV-2 праводзілася з 1 па 30 снежня 2020 года з выкарыстаннем 3 мл віруснага транспартнага асяроддзя (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) ад асоб, якія знаходзяцца ў даследаванні для Covid-19, які называецца EPHI. Узоры насаглоткі былі сабраны падрыхтаванымі ўзорамі калекцыянераў і адпраўлены ў EPHI у патройных пачках. Да ізаляцыі нуклеінавай кіслаты кожнаму ўзору прызначаецца унікальны ідэнтыфікацыйны нумар. Выманне ажыццяўляецца з кожнага ўзору адразу пасля прыбыцця з выкарыстаннем ручных і аўтаматычных метадаў здабычы. Такім чынам, для аўтаматычнай здабычы Abbott M2000, 1,3 мл (у тым ліку 0,8 мл мёртвага аб'ёму і 0,5 мл экстракцыі ўваходу) экстрагуюць з кожнага ўзору і перададзены праз сістэму падрыхтоўкі ДНК Abbott (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, ЗША). ) Партыя 96 [92 узораў, два кантролю выяўлення і два кантролю, якія не маюць тэмы (NTC)]) была ўключана ў агульны працэс (пошук і выяўленне) двух раўндаў SARS-COV-2 (EUA) у рэжыме рэальнага часу. майнинг. Сапраўды гэтак жа для ручной вымання выкарыстоўвайце тыя ж узоры (для аўтаматычнай здабычы і выяўлення). Такім чынам, на працягу ўсяго працэсу ўзоры 140 мкл былі аликвот і здабываюць пры дапамозе віруснага Mini набору Qiaamp (Qiagen GmbH, Hilden, Германія) у партыях 24 (у тым ліку 20 узораў, двух кантрольных аналізаў і двух NTCS) за дзевяць патронаў. Уручную экстрагуемы элюаты былі ўзмоцнены і выяўлены пры дапамозе цеплавога цыкла ABI 7500 з выкарыстаннем аналізу BGI SARS-COV-2, аналізу гена Daan і Sansure Biotech.
Аўтаматызаваная ізаляцыя і ачышчэнне віруснай РНК SARS-COV-2 вынікае з прынцыпу магнітнага шарыка з выкарыстаннем рэагентаў для падрыхтоўкі ДНК Abbott DNA. Інактывацыя ўзораў і растваранне вірусных часціц ажыццяўляецца з выкарыстаннем мыйнага сродкі, які змяшчае изотиоцианат гуанідыну для дэнатуравання бялку і інактывацыі РНКазы. Затым РНК аддзяляюць ад бялку пры аддзяленні цвёрдай фазы пры дапамозе крэмнія, гэта значыць солі гуанідзінію і шчолачны рН лізісу буфера спрыяюць звязванню нуклеінавых кіслот з крэмнія (SIO2). Крок прамывання выдаляе астатнія вавёркі і смецце, каб стварыць выразны раствор. Празрыстая РНК вылучаецца з мікрачасцінак на аснове крэмнія з выкарыстаннем магнітнага поля інструмента20,21. З іншага боку, ручная ізаляцыя і ачышчэнне РНК праводзяцца метадам спіна, выкарыстоўваючы цэнтрафугаванне замест магнітнай падстаўкі і аддзяленне мікрачасцінак з элюента.
Тэст выяўлення SARS-COV-2 у рэжыме рэальнага часу (Abbott Molecular, Inc.) быў праведзены ў адпаведнасці з інструкцыямі вытворцы, які атрымаў EUA19,22 ад СААЗ і FDA. У гэтым пратаколе ўзор інактывацыі перад экстракцыяй праводзілася на вадзяной лазні пры 56 ° С на працягу 30 мін. Пасля інактывацыі віруса выдаленне нуклеінавай кіслаты праводзілася на інструменце Abbott M2000 SP ад 0,5 мл VTM з выкарыстаннем сістэмы падрыхтоўкі ўзораў ДНК Abbott M2000. Па словах вытворцы. Узмацненне і выяўленне праводзілі з выкарыстаннем інструмента Abbott M2000 RT-PCR, а для генаў RDRP і N было праведзена двайное выяўленне. ROX) і VIC P (уласнае фарбавальнік) для нацэльвання і выяўлення ўнутранага кантролю, што дазваляе адначасова выяўленне абодвух прадуктаў ампліфікацыі 19.
Метад выяўлення ўзмацнення гэтага набору заснаваны на аднаступеннай тэхналогіі RT-PCR. Гены ORF1A/B і N былі выбраны ў якасці захаваных рэгіёнаў па тэхналогіі генаў Daan для выяўлення ампліфікацыі мэтавай вобласці. Спецыфічныя праймеры і флуарэсцэнтныя зонда (N-генныя зонды, пазначаныя FAM, ORF1A/B, былі распрацаваны з маркіроўкай VIC) былі распрацаваны для выяўлення РНК SARS-COV-2 у пробах. Канчатковыя элюентныя і галоўныя сумесі былі падрыхтаваны, дадаўшы 5 мкл элюента да 20 мкл вядучай сумесі да канчатковага аб'ёму 25 мкл. Узмацненне і выяўленне праводзіліся адначасова на інструменце ПЦР у рэжыме рэальнага часу ABI 750024.
Гены ORF1A/B і N былі выяўлены пры дапамозе дыягностычнага набору NCOV-2019 SANSURE NCOV-2019 (выяўленне флуарэсцэнтнага ПЦР). Падрыхтуйце пэўныя зонда для кожнага мэтавага гена, выбраўшы канал FAM для вобласці ORF1A/B і канал ROX для N -гена. Да гэтага набору для аналізу дадаюцца рэагенты Eluent і Master Mix наступным чынам: Падрыхтуйце 30 мкл галоўнай сумесі і 20 мкл элюіраванага ўзору для выяўлення/ампліфікацыі. Для ўзмацнення/выяўлення быў выкарыстаны ПЦР у рэжыме рэальнага часу ABI 750025.
Тэст BGI SARS-COV-2-гэта флуарэсцэнтны камплект RRT-PCR у рэжыме рэальнага часу для дыягностыкі COVID-19. Мэтавая вобласць размешчана ў вобласці ORF1A/B генома SARS-COV-2, які з'яўляецца адзіным метадам выяўлення генаў. Акрамя таго, ген, які вядзе чалавечы, β-актын з'яўляецца ўнутрана рэгуляваным генам. Галоўная сумесь рыхтуецца шляхам змешвання 20 мкл рэагента Master Mix і 10 мкл здабытага ўзору РНК у свідравіне26. Для ўзмацнення і выяўлення быў выкарыстаны флуарэсцэнтны колькасны прыбор у рэжыме рэальнага часу ABI 7500. Усе ўзмацненне нуклеінавай кіслаты, умовы выканання ПЦР для кожнага аналізу і інтэрпрэтацыю вынікаў праводзіліся ў адпаведнасці з інструкцыямі адпаведнага вытворцы (табліца 3).
У гэтым параўнальным аналізе мы не выкарыстоўвалі метад эталоннага стандарту для вызначэння працэнтнага пагаднення (станоўчага, адмоўнага і агульнага) і іншых параметраў параўнання для чатырох аналізаў. Кожнае параўнанне выпрабаванняў было зроблена з CRS, у гэтым даследаванні CRS быў усталяваны правілам "любы станоўчы", і вынік быў вызначаны, а не адным тэстам, мы выкарыстоўвалі па меншай меры два адпаведныя вынікі тэстаў. Акрамя таго, у выпадку перадачы COVID-19 ілжывыя адмоўныя вынікі больш небяспечныя, чым ілжывыя станоўчыя вынікі. Такім чынам, сказаць "станоўчы" як мага дакладней з вынікаў CRS, па меншай меры два тэсты аналізу павінны быць станоўчымі, гэта значыць, што, па меншай меры, адзін станоўчы вынік, верагодна, прыйдзе з аналізу Еўа. Такім чынам, з чатырох вынікаў выпрабаванняў два і больш вынікаў выпрабаванняў, якія даюць той жа вынік, лічацца сапраўднымі станоўчымі або адмоўнымі 18,27.
Дадзеныя былі сабраны з выкарыстаннем структураваных формаў вымання дадзеных, увод дадзеных і аналіз праводзіліся з выкарыстаннем статыстычнага праграмнага забеспячэння Excel і SPSS версіі 23.0 для апісальнай статыстыкі. Былі прааналізаваны станоўчыя, адмоўныя і агульныя працэнты, і для вызначэння ступені згоды кожнага метаду з CRS была выкарыстана адзнака KAPPA. Значэнні Kappa інтэрпрэтуюцца наступным чынам: 0,01 да 0,20 для мяккага пагаднення, 0,21 да 0,40 для агульнага пагаднення, 0,41-0,60 для ўмеранага пагаднення, 0,61-0,80 для асноўнага пагаднення і 0,81-0,99 для поўнага пагаднення28.
Этычнае афармленне было атрымана з Універсітэта Адыс -Абебы, і ўсе эксперыментальныя пратаколы для гэтага даследавання былі зацверджаны навуковым саветам па аглядзе навуковай этыкі Інстытута грамадскага аховы здароўя. Кантрольны нумар для ліцэнзіі EPHI Ethics-EPHI/IRB-279-2020. Усе метады прымяняліся ў адпаведнасці з рэкамендацыямі і палажэннямі Эфіёпскіх нацыянальных комплексных рэкамендацый па лячэнні Covid-19. Акрамя таго, пісьмовая інфармаваная згода была атрымана ад усіх удзельнікаў даследавання да ўдзелу ў даследаванні.
Усе дадзеныя, атрыманыя альбо прааналізаваныя ў гэтым даследаванні, уключаны ў гэты апублікаваны артыкул. Дадзеныя, якія падтрымліваюць вынікі гэтага даследавання, даступныя ў адпаведным аўтары па разумным запыце.
Сусветная арганізацыя па ахове здароўя. Рэкамендацыі па лабараторных стратэгіях тэсціравання для COVID-19: часовыя ўказанні, 21 сакавіка 2020 г.
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnosy у аддзяленні хуткай дапамогі: усё гэта на практыцы. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnosy у аддзяленні хуткай дапамогі: усё гэта на практыцы.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. and Gurgulianis, Ki Intelligent Diagnosy of Covid-19 у аддзяленні хуткай дапамогі: усё на практыцы.Muliou DS, Pantazopoulos I. і Gurgulyanis ki Intelligent Diagnosy of Covid-19 у аддзяленнях хуткай дапамогі: інтэграцыя ў канцы на практыцы. Эксперт прападобнага Рэспіра. лекі. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Ацэнка Covid19 ID Now Assay EUA. Mitchell, SL & St George, K. Ацэнка Covid19 ID Now Assay EUA.Мітчэл, SL і Сэнт -Джордж, К. Ацэнка ID Covid19 ID Now Assay EUA.Mitchell SL і St. George K. Ацэнка Covid19 ID Now Assay EUA. J. Clinical. Вірус. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
СУСВЕТНАЯ АРГАНІЗАЦЫЯ ПА АХОВЕ ЗДАРОЎЯ. Лабараторнае выяўленне каранавіруснай хваробы 2019 (COVID-19) пры падазрэнні на хваробу чалавека. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (доступ 15 жніўня 2020 г.) (СААЗ, 2020).
Удугама, Б. і інш. Дыягностыка COVID-19: хваробы і інструменты для тэсціравання. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Стварэнне каледжа паталагаў Усходняй, Цэнтральнай і Паўднёвай Афрыкі - Рэгіянальная школа паталогіі Блізкага Усходу і Паўднёвай Афрыкі. Афрыка. Дж. Лабараторыя. лекі. 9 (1), 1-8 (2020).
Эфіёпскі інстытут грамадскага аховы здароўя, Федэральнае Міністэрства аховы здароўя. Часовая нацыянальная стратэгія і кіраўніцтва па лабараторнай дыягностыцы COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_phec_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (доступ 12 жніўня 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, як ілжывыя адмоўныя тэсты для праблем і наступстваў інфекцыі SARS-COV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, як ілжывыя адмоўныя тэсты для праблем і наступстваў інфекцыі SARS-COV-2.Валашын С., Патэль Н. і Кессельхайм як ілжыва-адмоўныя тэсты на інфекцыі SARS-COV-2 і іх наступствы.Валашын С., Патэль Н. і Кессельхайм як ілжыва-адмоўныя тэсты на правакацыю і ўплыў заражэння SARS-COV-2. N. Eng. Дж. Медыцына. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki ілжыва-станоўчыя і ілжыва-негатыўныя выпадкі Covid-19: Прафілактыка дыхання і стратэгіі кіравання, вакцынацыя і далейшыя перспектывы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki ілжыва-станоўчыя і ілжыва-негатыўныя выпадкі Covid-19: Прафілактыка дыхання і стратэгіі кіравання, вакцынацыя і далейшыя перспектывы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, vakцinaцia и Дальнеййшіе, прасекцыв. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki ілжывыя станоўчыя і ілжывыя негатыўныя выпадкі Covid-19: стратэгіі прафілактыкі дыхання і лячэння, вакцынацыя і шлях наперад.Muliu, DS і Gurgulianis, Ki ілжыва-станоўчыя і ілжыва-адмоўныя выпадкі Covid-19: стратэгіі прафілактыкі дыхання і лячэння, вакцынацыі і шляху наперад. Эксперт прападобнага Рэспіра. лекі. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Дыягназ у аддзяленні хуткай дапамогі: бачачы дрэва, але прайграючы лес. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Дыягназ у аддзяленні хуткай дапамогі: бачачы дрэва, але прайграючы лес.Mouliou, DS, Ioannis, P. and Konstantinos, G. Covid-19 Дыягностыка ў аддзяленні хуткай дапамогі: Глядзіце дрэва, губляйце лес.Muliou DS, Ioannis P. і Konstantinos G. Covid-19 Дыягностыка ў рэанімацыі: недастаткова лесу для дрэў. З'явіцца. лекі. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Праверка і праверка аналітычных і клінічных паказчыкаў аналізу Abbott у рэжыме рэальнага часу SARS-COV-2. J. Clinical. Вірус. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Параўнанне пяць набораў грунтоўкі з розных геномаў-вобласці Covid-19 для выяўлення віруснай інфекцыі шляхам звычайнай RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Параўнанне пяці набораў грунтоўкі з розных рэгіёнаў генома Covid-19 для выяўлення віруснай інфекцыі шляхам звычайнага RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. and Aflatunyan, B. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных абласцей генома Covid-19 для выяўлення віруснай інфекцыі за кошт звычайнай RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 rt-pcr 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Параўнанне 5 розных генетычных абласцей Covid-19 для выяўлення віруснай інфекцыі з дапамогай звычайнай RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Nineestanaki D, Fazlalipour M. і Aflatunyan B. Параўнанне пяці набораў праймераў з розных абласцей генома Covid-19 для выяўлення віруснай інфекцыі шляхам звычайнай RT-PCR.Іран. J. Microbiology. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. і інш. Папярэднія вынікі Нацыянальнай праграмы знешняй ацэнкі якасці для выяўлення паслядоўнасці генома SARS-COV-2. J. Clinical. Вірус. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ван, М. і інш. Аналітычная ацэнка эфектыўнасці пяці набораў RT-PCR для цяжкіх вострага дыхальнага сіндрому Каронавірус 2. J. Clinical. Лабараторыя. анус. 35 (1), E23643 (2021).
Ван Б. і інш. Ацэнка сямі ў продажы набораў выяўлення РНК SARS-COV-2 у Кітаі на аснове ланцуговай рэакцыі полимеразы ў рэжыме рэальнага часу (ПЦР). Клінічны. Хімічны. Лабараторыя. лекі. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Ван Кастэрэн, Pb і інш. Параўнанне сямі камерцыйных дыягнастычных набораў RT-PCR COVID-19. J. Clinical. Вірус. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Параўнанне дыягнастычных характарыстык двух набораў ПЦР для выяўлення нуклеінавых кіслот SARS-COV-2. J. Clinical. Лабараторыя. анус. 34 (10), E23554 (2020).
LEFART, PR і г.д. Параўнальнае даследаванне платформаў для ўзмацнення нуклеінавых кіслот SARS-COV-2 (NAAT) паказала, што прадукцыйнасць ідэнтыфікатара значна была дэградавана ў залежнасці ад тыпу пацыента і ўзору. дыягностыка. Мікрабіялогія. Заразіць. дыс. 99 (1), 115200 (2021).
Малекула Abbott. Abbott у рэжыме рэальнага часу SARS-COV-2 Analysis Package Insew. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Па стане на 10 жніўня 2020 г.) (2020).
Кляйн, С. і інш. Ізаляцыя РНК SARS-COV-2 з выкарыстаннем магнітных шарыкаў для хуткага маштабнага выяўлення з дапамогай RT-QPCR і RT-Lamp. Вірус 12 (8), 863 (2020).